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- PDB-8h39: Structure of Acb2 complexed with c-di-AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h39
タイトルStructure of Acb2 complexed with c-di-AMP
要素p26
キーワードVIRAL PROTEIN / inhibitor / complex
機能・相同性Chem-2BA / p26
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage PaP2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Feng, Y. / Cao, X.L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171274 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Bacteriophages inhibit and evade cGAS-like immune function in bacteria.
著者: Huiting, E. / Cao, X. / Ren, J. / Athukoralage, J.S. / Luo, Z. / Silas, S. / An, N. / Carion, H. / Zhou, Y. / Fraser, J.S. / Feng, Y. / Bondy-Denomy, J.
履歴
登録2022年10月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: p26
B: p26
C: p26
D: p26
E: p26
F: p26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,42118
ポリマ－64,2916
非ポリマー3,13012
水5,152286
1
A: p26
ヘテロ分子

A: p26
ヘテロ分子

A: p26
ヘテロ分子

A: p26
ヘテロ分子

A: p26
ヘテロ分子

A: p26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,98624
ポリマ－64,2916
非ポリマー4,69518
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
2
B: p26
ヘテロ分子

B: p26
ヘテロ分子

B: p26
ヘテロ分子

B: p26
ヘテロ分子

B: p26
ヘテロ分子

B: p26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,61418
ポリマ－64,2916
非ポリマー4,32312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
3
C: p26
D: p26
ヘテロ分子

C: p26
D: p26
ヘテロ分子

C: p26
D: p26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,63915
ポリマ－64,2916
非ポリマー2,3489
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
4
E: p26
F: p26
ヘテロ分子

E: p26
F: p26
ヘテロ分子

E: p26
F: p26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,82518
ポリマ－64,2916
非ポリマー2,53412
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.142, 104.142, 102.043
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-232-

HOH

21A-272-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
p26


分子量: 10715.144 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage PaP2 (ファージ)
遺伝子: orf26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PVL0
#2: 化合物
ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate / c-di-AMP


分子量: 658.412 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Sodium bromide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→67.58 Å / Num. obs: 43247 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.01→2.11 Å / Num. unique obs: 6272 / CC1/2: 0.863

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
AutoProcessデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold2 model

解像度: 2.01→67.58 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2312 2261 5.23 %
Rwork0.2083 40966 -
obs0.2096 43227 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.76 Å2 / Biso mean: 44.879 Å2 / Biso min: 17.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→67.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4365 0 208 286 4859
Biso mean--38.45 44.8 -
残基数----544
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.01-2.050.34021480.274625382686100
2.05-2.10.33371280.243725282656100
2.1-2.150.30451310.223725122643100
2.15-2.210.261450.223725702715100
2.21-2.270.23071380.229225162654100
2.27-2.350.26631250.230825392664100
2.35-2.430.25941330.240925572690100
2.43-2.530.28061480.234225262674100
2.53-2.640.30441350.233425472682100
2.64-2.780.21941300.227825692699100
2.78-2.960.22571530.234825502703100
2.96-3.180.24251160.219925802696100
3.19-3.50.21521570.204925512708100
3.51-4.010.20971520.186825822734100
4.01-5.050.19881310.177426332764100
5.06-67.580.21771910.19722668285999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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