[日本語] English
万見
- PDB-8h2x: Structure of Acb2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h2x
タイトルStructure of Acb2
要素p26
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / inhibitor (酵素阻害剤) / complex
機能・相同性p26
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage PaP2 (ファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Feng, Y. / Cao, X.L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171274 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Bacteriophages inhibit and evade cGAS-like immune function in bacteria.
著者: Huiting, E. / Cao, X. / Ren, J. / Athukoralage, J.S. / Luo, Z. / Silas, S. / An, N. / Carion, H. / Zhou, Y. / Fraser, J.S. / Feng, Y. / Bondy-Denomy, J.
履歴
登録2022年10月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: p26
B: p26
C: p26
D: p26
E: p26
F: p26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,25221
ポリマ－64,2916
非ポリマー96115
水1,53185
1
A: p26
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,58824
ポリマ－64,2916
非ポリマー1,29718
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area23490 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area25330 Å2
手法PISA
2
B: p26
D: p26
ヘテロ分子

B: p26
D: p26
ヘテロ分子

B: p26
D: p26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,22221
ポリマ－64,2916
非ポリマー93115
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area22400 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area25610 Å2
手法PISA
3
C: p26
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,40824
ポリマ－64,2916
非ポリマー1,11718
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area24290 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area25340 Å2
手法PISA
4
E: p26
F: p26
ヘテロ分子

E: p26
F: p26
ヘテロ分子

E: p26
F: p26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,03618
ポリマ－64,2916
非ポリマー74512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area20290 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area25310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.866, 101.866, 101.655
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321

-
要素

#1: タンパク質
p26


分子量: 10715.144 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage PaP2 (ファージ)
遺伝子: orf26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PVL0
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Sodium bromide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→50 Å / Num. obs: 17359 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.1 % / CC1/2: 0.982 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.69→2.79 Å / Num. unique obs: 1675 / CC1/2: 0.903

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold2 model

解像度: 2.69→33.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 26.445 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.402 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 845 5.1 %RANDOM
Rwork0.2488 ---
obs0.2499 15609 94.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 141.65 Å2 / Biso mean: 49.828 Å2 / Biso min: 13.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20.11 Å20 Å2
2--0.22 Å2-0 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.69→33.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4302 0 62 85 4449
Biso mean--38.93 32.44 -
残基数----536
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0124406
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0280.0164083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.591.6555877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6961.5739537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0595530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.43542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.72510850
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025028
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.933.9732138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.933.9722138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.7735.9572662
LS精密化 シェル解像度: 2.69→2.758 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 66 -
Rwork0.314 1131 -
obs--93.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6439-1.17110.81451.0435-0.3710.64540.02340.13310.0267-0.0712-0.0565-0.0453-0.03510.0790.03320.1265-0.0160.0110.097-0.00610.0714-3.197-12.2845.291
20.2515-0.5898-0.35071.41070.86571.04550.03190.0249-0.022-0.1332-0.04490.0528-0.1021-0.05710.0130.1286-0.01340.01580.0884-0.00270.0675-42.6238.65429.718
30.1365-0.2465-0.28781.6055-0.32641.389-0.02220.01910.00130.18-0.0647-0.1241-0.1617-0.16580.08690.10040.025-0.02350.18380.00190.014-12.293.1655.424
40.416-0.52660.05770.95440.36680.7556-0.12040.0184-0.04410.15710.04630.10960.06430.150.07410.1114-0.00410.01350.1057-0.01410.0872-39.61634.09840.867
50.35920.24260.47551.21410.24651.08850.0294-0.0070.01040.2119-0.09130.06460.23470.10550.06190.14340.02170.02340.12230.00250.0296-40.79922.283-10.075
60.70440.8787-0.01361.31110.60871.8217-0.1461-0.0444-0.008-0.20950.01660.034-0.07190.19760.12960.05240.02550.01030.14290.00780.0492-39.24625.471-21.535
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 93
2X-RAY DIFFRACTION1A101 - 103
3X-RAY DIFFRACTION2B4 - 93
4X-RAY DIFFRACTION2B101 - 102
5X-RAY DIFFRACTION3C3 - 93
6X-RAY DIFFRACTION3C101 - 103
7X-RAY DIFFRACTION4D5 - 93
8X-RAY DIFFRACTION4D101 - 103
9X-RAY DIFFRACTION5E6 - 93
10X-RAY DIFFRACTION5E101 - 102
11X-RAY DIFFRACTION6F8 - 93
12X-RAY DIFFRACTION6F101 - 102

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る