+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h2r | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Escherichia Coli Heat Labile Enterotoxin Type IIB B-Pentamer Circular Permutant CP52-53 | ||||||
![]() | Heat-labile enterotoxin IIB, B chain | ||||||
![]() | TOXIN / E. coli / LTIIB / LT-IIb-B5 / adjuvant / Toll-like receptor binding / TLR2/TLR1 signaling pathway / GD1a binding / ganglioside binding / circular permutation | ||||||
機能・相同性 | perturbation of signal transduction in another organism / Type II heat-labile enterotoxin, B subunit / Type II heat-labile enterotoxin, B subunit superfamily / Type II heat-labile enterotoxin , B subunit (LT-IIB) / Enterotoxin / host cell membrane / toxin activity / extracellular region / Heat-labile enterotoxin IIB, B chain![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hsu, S.H. / Yuan, Y.T. / Sue, S.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Escherichia Coli Heat Labile Enterotoxin Type IIB B-Pentamer Circular Permutant CP52-53 著者: Hsu, S.H. / Yuan, Y.T. / Sue, S.C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 129.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 463.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 484.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1qb5S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11066.451 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5, 0.1 M MgCl2, 15% v/v Polyethylene glycol 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年5月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 7547 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 49.82 Å2 / CC1/2: 0.87 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 7546 / Rrim(I) all: 0.63 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1QB5 解像度: 2.9→26.8 Å / SU ML: 0.4918 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.4411 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→26.8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|