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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h2i | |||||||||
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タイトル | Near-atomic structure of five-fold averaged PBCV-1 capsid | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / giant virus / nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs) / viral assembly / Paramecium bursaria chlorella virus 1 (PBCV-1) / chlorovirus / major capsid protein / minor capsid protein / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Shao, Q. / Agarkova, I.V. / Noel, E.A. / Dunigan, D.D. / Liu, Y. / Wang, A. / Guo, M. / Xie, L. / Zhao, X. / Rossmann, M.G. ...Shao, Q. / Agarkova, I.V. / Noel, E.A. / Dunigan, D.D. / Liu, Y. / Wang, A. / Guo, M. / Xie, L. / Zhao, X. / Rossmann, M.G. / Van Etten, J.L. / Klose, T. / Fang, Q. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Near-atomic, non-icosahedrally averaged structure of giant virus Paramecium bursaria chlorella virus 1. 著者: Qianqian Shao / Irina V Agarkova / Eric A Noel / David D Dunigan / Yunshu Liu / Aohan Wang / Mingcheng Guo / Linlin Xie / Xinyue Zhao / Michael G Rossmann / James L Van Etten / Thomas Klose / Qianglin Fang / 要旨: Giant viruses are a large group of viruses that infect many eukaryotes. Although components that do not obey the overall icosahedral symmetry of their capsids have been observed and found to play ...Giant viruses are a large group of viruses that infect many eukaryotes. Although components that do not obey the overall icosahedral symmetry of their capsids have been observed and found to play critical roles in the viral life cycles, identities and high-resolution structures of these components remain unknown. Here, by determining a near-atomic-resolution, five-fold averaged structure of Paramecium bursaria chlorella virus 1, we unexpectedly found the viral capsid possesses up to five major capsid protein variants and a penton protein variant. These variants create varied capsid microenvironments for the associations of fibers, a vesicle, and previously unresolved minor capsid proteins. Our structure reveals the identities and atomic models of the capsid components that do not obey the overall icosahedral symmetry and leads to a model for how these components are assembled and initiate capsid assembly, and this model might be applicable to many other giant viruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8h2i.cif.gz | 9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8h2i.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8h2i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8h2i_validation.pdf.gz | 3.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8h2i_full_validation.pdf.gz | 3.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8h2i_validation.xml.gz | 1.1 MB | 表示 | |
CIF形式データ | 8h2i_validation.cif.gz | 1.8 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/8h2i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/8h2i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34438MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 5
2 |
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3 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C5 (5回回転対称)) |
-要素
+タンパク質 , 26種, 177分子 aaabacadaeafagahaiajakalamanaoapaqarasatauavawaxayazaAaBaCaD...
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 24.4 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 56500 / 対称性のタイプ: POINT |