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- PDB-8h1r: Crystal structure of LptDE-YifL complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h1r
タイトルCrystal structure of LptDE-YifL complex
要素
  • LPS-assembly lipoprotein LptE
  • LPS-assembly protein LptD
  • Uncharacterized lipoprotein YifL
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Lipopolysaccharide / Lipoprotein / LptDE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of polysaccharide biosynthetic process / transporter complex / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic lipoprotein-attachment site / LPS-assembly lipoprotein LptM, conserved region / LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / : / LPS transport system D / LPS-assembly lipoprotein LptE / Lipopolysaccharide-assembly / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PCJ / Uncharacterized lipoprotein YifL / LPS-assembly lipoprotein LptE / LPS-assembly protein LptD
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Luo, Q. / Huang, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0500404 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37020201 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31625009 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Surface lipoprotein sorting by crosstalk between Lpt and Lol pathways in gram-negative bacteria
著者: Luo, Q. / Wang, C. / Qiao, S. / Yu, S. / Chen, L. / Kim, S. / Wang, K. / Zheng, J. / Zhang, Y. / Wu, F. / Lei, X. / Lou, J. / Hennig, M. / Im, W. / Miao, L. / Zhou, M. / Bei, W. / Huang, Y.
履歴
登録2022年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年5月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LPS-assembly protein LptD
B: LPS-assembly lipoprotein LptE
C: Uncharacterized lipoprotein YifL
D: LPS-assembly protein LptD
E: LPS-assembly lipoprotein LptE
F: Uncharacterized lipoprotein YifL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)270,7548
ポリマ－268,9616
非ポリマー1,7932
水00
1
A: LPS-assembly protein LptD
B: LPS-assembly lipoprotein LptE
C: Uncharacterized lipoprotein YifL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,3774
ポリマ－134,4813
非ポリマー8961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9110 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area44400 Å2
手法PISA
2
D: LPS-assembly protein LptD
E: LPS-assembly lipoprotein LptE
F: Uncharacterized lipoprotein YifL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,3774
ポリマ－134,4813
非ポリマー8961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9170 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area46810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.848, 140.475, 133.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 LPS-assembly protein LptD


分子量: 104387.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
遺伝子: lptD, imp, ostA, PA0595 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I5U2
#2: タンパク質 LPS-assembly lipoprotein LptE


分子量: 22908.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
遺伝子: lptE, PA3988 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HX32
#3: タンパク質 Uncharacterized lipoprotein YifL


分子量: 7184.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: yifL, b4558, JW3781 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADN6
#4: 化合物 ChemComp-PCJ / (2R)-3-{[(2S)-3-HYDROXY-2-(PALMITOYLAMINO)PROPYL]THIO}PROPANE-1,2-DIYL DIHEXADECANOATE


分子量: 896.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H105NO6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.1 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 175 mM citric acid/Bis-Tris (pH 5.0), 17% (v/v) PEG3350 and 3% methanol (as additive)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→43.25 Å / Num. obs: 66447 / % possible obs: 97.28 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 72.3 Å2 / CC1/2: 0.92 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.98→3.09 Å / Num. unique obs: 6661 / CC1/2: 0.672

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IVA

5iva


解像度: 2.98→43.25 Å / SU ML: 0.3795 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.8716
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 3322 5 %
Rwork0.234 63125 -
obs0.2355 66447 97.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 80.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.98→43.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15225 0 229 0 15454
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.010515792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.271321318
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05752214
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00992809
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.34345938
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.98-3.020.3418640.30211221X-RAY DIFFRACTION45.01
3.02-3.070.34461390.31772647X-RAY DIFFRACTION98.97
3.07-3.120.34571440.31052706X-RAY DIFFRACTION99.86
3.12-3.170.34471390.29842672X-RAY DIFFRACTION99.89
3.17-3.220.33331420.29652691X-RAY DIFFRACTION99.96
3.22-3.280.2951420.28532699X-RAY DIFFRACTION99.82
3.28-3.340.30461420.26162697X-RAY DIFFRACTION99.96
3.34-3.410.26281410.24362694X-RAY DIFFRACTION99.96
3.41-3.480.27381410.24272677X-RAY DIFFRACTION99.79
3.49-3.570.27861420.24922681X-RAY DIFFRACTION99.86
3.57-3.660.32011430.26622704X-RAY DIFFRACTION99.34
3.66-3.750.33721380.28092679X-RAY DIFFRACTION98.95
3.75-3.860.29531400.24542659X-RAY DIFFRACTION99.82
3.86-3.990.25671430.24222699X-RAY DIFFRACTION99.75
3.99-4.130.26631430.24382720X-RAY DIFFRACTION99.79
4.13-4.30.27651430.22772707X-RAY DIFFRACTION99.86
4.3-4.490.22921420.22699X-RAY DIFFRACTION99.82
4.49-4.730.1961400.18842679X-RAY DIFFRACTION99.44
4.73-5.020.25551420.19732694X-RAY DIFFRACTION99.54
5.02-5.410.22261430.21322708X-RAY DIFFRACTION99.65
5.41-5.960.2271410.22122696X-RAY DIFFRACTION99.65
5.96-6.810.27681440.23612712X-RAY DIFFRACTION99.48
6.81-8.570.24971430.21872733X-RAY DIFFRACTION99.93
8.57-43.250.24121410.21542651X-RAY DIFFRACTION95.03
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 50.8840406695 Å / Origin y: 116.448558865 Å / Origin z: 162.750299177 Å
111213212223313233
T0.435669160748 Å2-0.0164662517992 Å2-0.03954630523 Å2-0.4532717688 Å2-0.00864451099578 Å2--0.525459960555 Å2
L0.215485045132 °2-0.0655090389195 °2-0.217689716977 °2-0.216892639455 °20.0552424874841 °2--0.703078504888 °2
S-0.014916589982 Å °-0.0356959912878 Å °0.0430682506253 Å °0.0240206975374 Å °0.0297115183839 Å °-0.0212059567925 Å °0.144285790121 Å °-0.00305154556085 Å °0.0040162373137 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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