[日本語] English
万見
- PDB-8h0r: Crystal structure of a cataract-causing crystallin mutant (mouse ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h0r
タイトルCrystal structure of a cataract-causing crystallin mutant (mouse CRYBB1 Y202X)
要素Beta-crystallin B1B
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / crystallin CRYBB1 / trancated mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception
類似検索 - 分子機能
Beta/Gamma crystallin / : / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-crystallin B1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.201 Å
データ登録者Jing, X. / Gong, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)82101102 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Cataract-causing Y204X mutation of crystallin protein CRY beta B1 promotes its C-terminal degradation and higher-order oligomerization.
著者: Jing, X. / Zhu, M. / Lu, X. / Wei, P. / Shi, L. / Zhang, B.Y. / Xu, Y. / Tang, Y.P. / Xiang, D.M. / Gong, P.
履歴
登録2022年9月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-crystallin B1B
B: Beta-crystallin B1B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5182
ポリマ－21,5182
非ポリマー00
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Polymer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.919, 48.437, 113.321
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Beta-crystallin B1B


分子量: 10759.116 Da / 分子数: 2 / 断片: CRYBB1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Protein degradated / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crybb1 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WVJ5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.68 % / Mosaicity: 0.44 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6 / 詳細: PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 68183 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 14.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 17.5 / Num. measured all: 712380
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.2-1.244.60.48258070.8460.240.5430.82884.5
1.24-1.296.90.38566710.9340.1540.4160.87197.6
1.29-1.359.60.28768510.9790.0970.3030.925100
1.35-1.4211.90.20769000.990.0620.2161.003100
1.42-1.5112.40.1468610.9950.0410.1461.001100
1.51-1.6312.50.169020.9970.0290.1041.021100
1.63-1.7912.10.07569800.9980.0230.0790.986100
1.79-2.0511.60.0669310.9980.0180.0630.971100
2.05-2.5911.30.05470390.9980.0170.0570.88100
2.59-5010.50.0572410.9980.0160.0520.95598.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.12精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.201→23.103 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1943 3398 4.99 %
Rwork0.185 64698 -
obs0.1855 68096 98.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 52.37 Å2 / Biso mean: 19.4381 Å2 / Biso min: 10.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.201→23.103 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1469 0 0 187 1656
Biso mean---30 -
残基数----178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.892105
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093209
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005277
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.159924
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.201-1.21790.31771060.2664214779
1.2179-1.23610.26971140.2594235687
1.2361-1.25540.27111290.2398252093
1.2554-1.2760.26931430.2347266998
1.276-1.2980.2431480.2262266699
1.298-1.32160.21451330.21852719100
1.3216-1.3470.23371420.21542736100
1.347-1.37450.22621360.21242738100
1.3745-1.40440.24311460.20832679100
1.4044-1.4370.2351510.20342740100
1.437-1.4730.21421530.19252724100
1.473-1.51280.20771480.19432708100
1.5128-1.55730.19141450.19122744100
1.5573-1.60750.17881610.18952719100
1.6075-1.6650.20941380.18782750100
1.665-1.73160.17411470.1832743100
1.7316-1.81040.20391480.18062736100
1.8104-1.90580.21151620.18332754100
1.9058-2.02510.20191530.17372744100
2.0251-2.18140.18321180.17612779100
2.1814-2.40070.17121410.18222797100
2.4007-2.74760.20521410.19732806100
2.7476-3.45980.16741620.16742830100
3.4598-23.1030.18321330.1687289497

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る