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Yorodumi- PDB-8h0r: Crystal structure of a cataract-causing crystallin mutant (mouse ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8h0r | ||||||
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Title | Crystal structure of a cataract-causing crystallin mutant (mouse CRYBB1 Y202X) | ||||||
Components | Beta-crystallin B1B | ||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / crystallin CRYBB1 / trancated mutant | ||||||
Function / homology | Beta/Gamma crystallin / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception / Beta-crystallin B1 Function and homology information | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.201 Å | ||||||
Authors | Jing, X. / Gong, P. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2023 Title: Cataract-causing Y204X mutation of crystallin protein CRY beta B1 promotes its C-terminal degradation and higher-order oligomerization. Authors: Jing, X. / Zhu, M. / Lu, X. / Wei, P. / Shi, L. / Zhang, B.Y. / Xu, Y. / Tang, Y.P. / Xiang, D.M. / Gong, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8h0r.cif.gz | 55.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8h0r.ent.gz | 38.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8h0r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/8h0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/8h0r | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10759.116 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: CRYBB1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Protein degradated / Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Crybb1 / Plasmid: pET26 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9WVJ5 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.68 % / Mosaicity: 0.44 ° |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: evaporation / pH: 6 / Details: PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 1, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.2→50 Å / Num. obs: 68183 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 14.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 17.5 / Num. measured all: 712380 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.201→23.103 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 19.25 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 52.37 Å2 / Biso mean: 19.4381 Å2 / Biso min: 10.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.201→23.103 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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