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- PDB-8h0m: Crystal structure of VioD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h0m
タイトルCrystal structure of VioD
要素VioD
キーワードFLAVOPROTEIN / complex
機能・相同性: / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / oxidoreductase activity / nucleotide binding / (2S)-2-ethylhexan-1-ol / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FORMIC ACID / VioD
機能・相同性情報
生物種Duganella sp. ZLP-XI (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.702 Å
データ登録者Xu, M. / Ran, T. / Wang, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770074 中国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2023
タイトル: Structural basis for substrate binding and catalytic mechanism of the key enzyme VioD in the violacein synthesis pathway.
著者: Xu, M. / Xu, D. / Gao, M. / Zhuang, X. / Wang, W. / Sun, B. / Ran, T.
履歴
登録2022年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VioD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5976
ポリマ－44,5431
非ポリマー1,0545
水4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area16730 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)90.039, 90.039, 94.582
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Space group name HallP64
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-765-

HOH

21A-772-

HOH

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要素

#1: タンパク質 VioD


分子量: 44543.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Duganella sp. ZLP-XI (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A024AX32
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-2EH / (2S)-2-ethylhexan-1-ol / (S)-2-エチル-1-ヘキサノ-ル


分子量: 130.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Na Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.67 Å / Num. obs: 47638 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 2501 / CC1/2: 0.597 / Rpim(I) all: 0.464

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.16精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C4A

3c4a


解像度: 1.702→19.67 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 --
Rwork0.205 --
obs-47596 99.88 %
原子変位パラメータBiso mean: 30.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.702→19.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3043 0 71 276 3390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00913213
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07014370
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0739475
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059567
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.56291889

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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