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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h0h | ||||||
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タイトル | Hypotethical protein from Mycobacterium tuberculsosis | ||||||
![]() | Uncharacterized protein Rv1546 | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / START-like domain superfamily / plasma membrane / Uncharacterized protein Rv1546![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, D.H. / Na, Y. / Lee, B.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Domain swapping of the C-terminal helix promotes the dimerization of a novel ribonuclease protein from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Kim, D.H. / Na, Y. / Chang, H. / Boo, J.H. / Kang, S.M. / Jin, C. / Kang, S.J. / Lee, S.Y. / Lee, B.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 145.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8h2dC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15699.864 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv1546, MTCY48.19c / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Bis/Tris Propane/HCl, pH 6.5, 0.2 M sodium fluoride and 20% (w/v) polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.74→50 Å / Num. obs: 13538 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 39.57 Å2 / CC1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.8 Å / Num. unique obs: 636 / CC1/2: 0.87 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.74→47.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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