ソフトウェア 名称 バージョン 分類 BUSTER2.10.2精密化 PDB_EXTRACT3.27 データ抽出 XDSJan 10, 2022 (BUILT 20220220)データ削減 Aimless0.5.29データスケーリング PHASER2.7.17位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 6JKZ解像度 : 1.931→56.3 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.947 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.937 / SU R Cruickshank DPI : 0.17 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / SU R Blow DPI : 0.165 / SU Rfree Blow DPI : 0.14 / SU Rfree Cruickshank DPI : 0.143 Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.221 2779 4.87 % RANDOM Rwork 0.195 - - - obs 0.196 57065 99.7 % -
原子変位パラメータ Biso max : 122.69 Å2 / Biso mean : 44.87 Å2 / Biso min : 23.45 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 5.4026 Å2 0 Å2 3.4408 Å2 2- - -8.0495 Å2 0 Å2 3- - - 2.647 Å2
Refine analyze Luzzati coordinate error obs : 0.25 Å精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.931→56.3 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 6188 0 37 201 6426 Biso mean - - 53.21 40.72 - 残基数 - - - - 771
拘束条件 大きな表を表示 (6 x 17) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ 数 Restraint function Weight Dev ideal X-RAY DIFFRACTION t_dihedral_angle_d2142 SINUSOIDAL2 X-RAY DIFFRACTION t_trig_c_planes184 HARMONIC2 X-RAY DIFFRACTION t_gen_planes919 HARMONIC5 X-RAY DIFFRACTION t_it6392 HARMONIC20 X-RAY DIFFRACTION t_nbd2 SEMIHARMONIC5 X-RAY DIFFRACTION t_improper_torsionX-RAY DIFFRACTION t_pseud_angleX-RAY DIFFRACTION t_chiral_improper_torsion822 SEMIHARMONIC5 X-RAY DIFFRACTION t_sum_occupanciesX-RAY DIFFRACTION t_utility_distanceX-RAY DIFFRACTION t_utility_angleX-RAY DIFFRACTION t_utility_torsionX-RAY DIFFRACTION t_ideal_dist_contact7606 SEMIHARMONIC4 X-RAY DIFFRACTION t_bond_d6392 HARMONIC2 0.01 X-RAY DIFFRACTION t_angle_deg8685 HARMONIC2 0.97 X-RAY DIFFRACTION t_omega_torsion3.26 X-RAY DIFFRACTION t_other_torsion18.69
LS精密化 シェル 解像度 : 1.931→1.98 Å / Rfactor Rfree error : 0 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.249 196 4.77 % Rwork 0.23 3915 - obs - - 98.2 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.8545 0.4884 0.124 2.2328 -0.486 0.9239 -0.0767 0.0703 0.0318 0.5315 0.1049 -0.0657 -0.1105 0.0493 -0.0283 -0.2127 0.0422 -0.0351 -0.2965 -0.0329 -0.3666 -3.3818 -2.575 -14.2756 2 0.8283 0.4238 -0.152 1.0454 -0.3807 1.1796 0.0525 0.0141 -0.2599 0.3063 -0.1509 -0.2095 -0.1167 -0.0604 0.0984 -0.2753 0.0004 -0.0976 -0.2694 -0.0309 -0.2327 -23.0655 -32.5029 -25.8867
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 { A|28 - A|416 } A28 - 416 2 X-RAY DIFFRACTION 2 { B|31 - B|416 } B31 - 416