[日本語] English
万見
- PDB-8gz5: Crystal structure of neutralizing VHH P17 in complex with SARS-Co... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gz5
タイトルCrystal structure of neutralizing VHH P17 in complex with SARS-CoV-2 Alpha variant spike receptor-binding domain
要素
  • Nanobody P17
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / spike RBD / nanobody / VHH / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Yamaguchi, K. / Anzai, I. / Maeda, R. / Moriguchi, M. / Watanabe, T. / Imura, A. / Takaori-Kondo, A. / Inoue, T.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJOP1861 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20fk018517 日本
Other governmentKYOTO Industrial Support Organization 21 日本
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the rational design of a nanobody that binds with high affinity to the SARS-CoV-2 spike variant.
著者: Yamaguchi, K. / Anzai, I. / Maeda, R. / Moriguchi, M. / Watanabe, T. / Imura, A. / Takaori-Kondo, A. / Inoue, T.
履歴
登録2022年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
B: Nanobody P17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,26315
ポリマ－36,9472
非ポリマー1,31513
水6,882382
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.680, 82.680, 162.479
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 23373.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 Nanobody P17


分子量: 13574.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0, 1.0M succinic acid pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→43.19 Å / Num. obs: 71557 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 29.42 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 40098 / CC1/2: 0.545 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7nx6, 7kn6

7nx6

7kn6


解像度: 1.7→41.34 Å / SU ML: 0.2179 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.0964
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.189 3522 4.93 %
Rwork0.1713 67964 -
obs0.1722 71486 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2448 0 86 382 2916
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122673
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1093623
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0822390
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0101471
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.5773409
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.720.33551600.36752739X-RAY DIFFRACTION99.83
1.72-1.750.34851470.35042631X-RAY DIFFRACTION99.89
1.75-1.770.31561300.31762685X-RAY DIFFRACTION99.96
1.77-1.80.32751300.3052691X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.830.34181530.29662680X-RAY DIFFRACTION99.93
1.83-1.860.24141360.27462656X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.90.27581550.25332688X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.930.2341140.24522730X-RAY DIFFRACTION99.96
1.93-1.970.20821590.23082673X-RAY DIFFRACTION99.86
1.97-2.020.22131400.2072677X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.060.21211390.19532694X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.110.19541180.1882721X-RAY DIFFRACTION99.86
2.11-2.170.21791730.17542678X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.240.22131300.17252723X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.310.19271230.16732707X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.390.20611280.17172711X-RAY DIFFRACTION99.96
2.39-2.490.19161550.16472685X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.60.20881230.17132742X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.740.20811500.1622704X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.910.18621250.17132752X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.130.17891410.16342756X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.450.21221390.15572758X-RAY DIFFRACTION99.97
3.45-3.940.15621290.13972776X-RAY DIFFRACTION100
3.94-4.970.1211540.12412789X-RAY DIFFRACTION99.93
4.97-41.340.18241710.17272918X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -34.8315894548 Å / Origin y: 24.1266786422 Å / Origin z: 15.2922336604 Å
111213212223313233
T0.278427537837 Å2-0.00402969695583 Å2-0.0336409621039 Å2-0.160101944927 Å2-0.00205402255932 Å2--0.247813617597 Å2
L1.17218023528 °20.523422967472 °2-1.03043105805 °2-0.763435248307 °2-0.586358802852 °2--1.97262326503 °2
S-0.0662303547145 Å °0.0488160560466 Å °0.0330688255023 Å °0.0712204795669 Å °0.0628713296335 Å °0.00894856831374 Å °-0.0963145722047 Å °0.0372191249919 Å °-0.00240129868098 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る