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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gyy | |||||||||
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タイトル | Bifunctional xylosidase/glucosidase LXYL with intermediate substrate xylose, 120 seconds | |||||||||
要素 | Beta-D-xylosidase/beta-D-glucosidase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / glycoside hydrolases / xylosidases / bifunctional | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucan catabolic process / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Lentinula edodes (シイタケ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å | |||||||||
データ登録者 | Yang, L.Y. | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Bifunctional xylosidase/glucosidase LXYL with intermediate substrate xylose 著者: Yang, L.Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gyy.cif.gz | 626.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gyy.ent.gz | 515.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gyy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gyy_validation.pdf.gz | 6.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gyy_full_validation.pdf.gz | 6.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8gyy_validation.xml.gz | 127.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gyy_validation.cif.gz | 177.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/8gyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/8gyy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 BACD
#1: タンパク質 | 分子量: 86036.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lentinula edodes (シイタケ) / 遺伝子: Lxyl-p1-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8GLP2 |
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-糖 , 10種, 58分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose | #5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-1-deoxy-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-1-deoxy-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 #7: 多糖 | #9: 糖 | #10: 糖 | ChemComp-MAN / #11: 糖 | ChemComp-NAG / #12: 糖 | ChemComp-BMA / | |
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-非ポリマー , 2種, 1298分子
#8: 化合物 | ChemComp-BKR / #13: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.13 % |
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結晶化 | 温度: 289.16 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 13% PEG3350, 0.1 M Tris-HCl pH8.5, 0.2% MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.068→158.24 Å / Num. obs: 257788 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 30.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.068→2.11 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.913 / Num. unique obs: 12570 / CC1/2: 0.584 / Rpim(I) all: 0.555 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6KJ0 解像度: 2.07→35.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 9.92 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.556 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.07→35.97 Å
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拘束条件 |
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