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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ey2 | ||||||
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タイトル | Bifunctional xylosidase/glucosidase LXYL D300N mutant with intermediate substrate xylose | ||||||
![]() | Beta-D-xylosidase/beta-D-glucosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / glycoside hydrolases / xylosidases / bifunctional | ||||||
機能・相同性 | ![]() glucan catabolic process / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gong, W.M. / Yang, L.Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Bifunctional xylosidase/glucosidase LXYL with intermediate substrate xylose 著者: Gong, W.M. / Yang, L.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 891.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 745.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 7.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 7.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 175.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 243.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 1307分子 ABCDEF![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#12: 水 | ChemComp-HOH / |
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#1: タンパク質 | 分子量: 86312.070 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-糖 , 10種, 46分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/XYZ.gif)
![](data/chem/img/BMA.gif)
![](data/chem/img/XYL.gif)
![](data/chem/img/XYZ.gif)
![](data/chem/img/BMA.gif)
![](data/chem/img/XYL.gif)
#2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | #5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 #6: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #7: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1031.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 #8: 糖 | ChemComp-NAG / #9: 糖 | #10: 糖 | ChemComp-BMA / | #11: 糖 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.79 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.1M Hepes pH 5.0, 0.2% MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.43→160.12 Å / Num. obs: 227425 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 36.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.43→2.47 Å / Rmerge(I) obs: 0.532 / Num. unique obs: 11317 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6KJ0 解像度: 2.43→160.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 6.989 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 107.61 Å2 / Biso mean: 30.324 Å2 / Biso min: 14.95 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.43→160.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.432→2.495 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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