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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gye | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the 4-1BB in complex with ZG033 Fab | ||||||||||||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Unique epitope / Binding affinity / intermediate level of activation of T cells | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() TNFs bind their physiological receptors / regulation of immature T cell proliferation in thymus / signaling receptor activity / regulation of cell population proliferation / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Zhu, M. / Cheng, L.S. / Gao, Y. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the 4-1BB in complex with ZG033 Fab 著者: Zhu, M. / Cheng, L.S. / Gao, Y. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 277.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 179.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 509.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 523.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4edwS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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要素
-抗体 , 2種, 4分子 BECF
#2: 抗体 | 分子量: 23180.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 23442.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AD![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 18541.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #4: 糖 | |
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-非ポリマー , 2種, 129分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-GOL / |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.34 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 18% (w/v) PEG4000, 0.1M Tris pH8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→19.91 Å / Num. obs: 52988 / % possible obs: 97.19 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 46.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.821 / Num. unique obs: 5290 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4EDW 解像度: 2.3→19.91 Å / SU ML: 0.3524 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 36.2471 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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