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- PDB-8gye: Crystal Structure of the 4-1BB in complex with ZG033 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gye
タイトルCrystal Structure of the 4-1BB in complex with ZG033 Fab
要素
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
  • ZG033 Fab H chain
  • ZG033 Fab L chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Unique epitope / Binding affinity / intermediate level of activation of T cells
機能・相同性
機能・相同性情報


TNFs bind their physiological receptors / regulation of immature T cell proliferation in thymus / signaling receptor activity / regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 9 / Tumour necrosis factor receptor 9, N-terminal / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhu, M. / Cheng, L.S. / Gao, Y.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U1632124 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31621002 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31270770 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503600 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0504903 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the 4-1BB in complex with ZG033 Fab
著者: Zhu, M. / Cheng, L.S. / Gao, Y.
履歴
登録2022年9月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
B: ZG033 Fab H chain
C: ZG033 Fab L chain
E: ZG033 Fab H chain
F: ZG033 Fab L chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,8669
ポリマ－130,3316
非ポリマー5353
水2,306128
1
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
E: ZG033 Fab H chain
F: ZG033 Fab L chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4795
ポリマ－65,1663
非ポリマー3132
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ZG033 Fab H chain
C: ZG033 Fab L chain

D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3874
ポリマ－65,1663
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.021, 65.913, 83.643
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 82.495, 74.822
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

-
抗体 , 2種, 4分子 BECF

#2: 抗体 ZG033 Fab H chain


分子量: 23180.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Expi 293F / 細胞株 (発現宿主): Expi 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 ZG033 Fab L chain


分子量: 23442.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Expi 293F / 細胞株 (発現宿主): Expi 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AD

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 / 4-1BB ligand receptor / CDw137 / T-cell antigen 4-1BB homolog / T-cell antigen ILA


分子量: 18541.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Expi 293F / 遺伝子: TNFRSF9, CD137, ILA / 細胞株 (発現宿主): Expi 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi 293F / 参照: UniProt: Q07011
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 129分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 18% (w/v) PEG4000, 0.1M Tris pH8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→19.91 Å / Num. obs: 52988 / % possible obs: 97.19 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 46.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.821 / Num. unique obs: 5290

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14-3260精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EDW

4edw


解像度: 2.3→19.91 Å / SU ML: 0.3524 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 36.2471 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2766 2593 4.9 %
Rwork0.2222 50357 -
obs0.2248 52950 97.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8499 0 34 128 8661
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00188739
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.533111889
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04181343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00371524
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.16475314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.340.42351460.3632628X-RAY DIFFRACTION97.37
2.34-2.390.46461280.37182674X-RAY DIFFRACTION96.89
2.39-2.440.40031320.35142657X-RAY DIFFRACTION97.52
2.44-2.490.43681450.34212615X-RAY DIFFRACTION97.42
2.49-2.550.4021410.30992686X-RAY DIFFRACTION97.38
2.55-2.610.34161260.31272672X-RAY DIFFRACTION97.8
2.61-2.680.35031510.29182618X-RAY DIFFRACTION97.47
2.68-2.760.34331390.28932677X-RAY DIFFRACTION97.78
2.76-2.850.32521410.27332683X-RAY DIFFRACTION97.95
2.85-2.950.32851430.26522635X-RAY DIFFRACTION97.71
2.95-3.070.33731210.2532646X-RAY DIFFRACTION97.57
3.07-3.210.31061400.25012673X-RAY DIFFRACTION97.81
3.21-3.370.26461280.2362652X-RAY DIFFRACTION97.41
3.37-3.580.27731270.22172659X-RAY DIFFRACTION97.04
3.58-3.860.26641370.21542646X-RAY DIFFRACTION97.14
3.86-4.240.2781500.18972632X-RAY DIFFRACTION97.41
4.24-4.850.20061200.1632670X-RAY DIFFRACTION97.35
4.85-6.080.21081440.17062609X-RAY DIFFRACTION96.19
6.08-19.910.2091340.17182625X-RAY DIFFRACTION96.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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