PDB-8gy0: Agrocybe pediades linalool sunthase (Ap.LS)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gy0

タイトル

Agrocybe pediades linalool sunthase (Ap.LS)

要素

Terpene synthase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Monoterpene synthase

機能・相同性

付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離 / Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily / lyase activity / metal ion binding / Terpene synthase

機能・相同性情報

生物種

Agrocybe pediades (ハタケキノコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.988 Å

データ登録者

Rehka, T. / Sharma, D. / Lin, F. / Lim, C. / Choong, Y.K. / Chacko, J. / Zhang, C.

資金援助

シンガポール, 2件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: Structural Understanding of Fungal Terpene Synthases for the Formation of Linear or Cyclic Terpene Products.
著者: T, R. / Sharma, D. / Lin, F. / Choong, Y.K. / Lim, C. / Jobichen, C. / Zhang, C.

履歴

登録	2022年9月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gy0.cif.gz	141.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gy0.ent.gz	107.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gy0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gy0_validation.pdf.gz	441.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gy0_full_validation.pdf.gz	453.8 KB	表示
XML形式データ	8gy0_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	8gy0_validation.cif.gz	32.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/8gy0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/8gy0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ps1S 2wbuS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Terpene synthase

A: Terpene synthase

74.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.925, 80.665, 69.906
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.050, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Terpene synthase 分子量: 37439.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrocybe pediades (ハタケキノコ) 遺伝子: D9613_012268 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A8H4VHP2, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.08 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10mM MgCl2, 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 2% v/v Tacsimate pH 5 and 18% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 48065 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 5.8 % / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 29.7
反射シェル	解像度: 1.98→2.01 Å / Num. unique obs: 1368 / R_sym value: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MADSYS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: 1ps1, 2wbu

1ps1

2wbu

解像度: 1.988→46.804 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 9.291 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.206 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2745	1831	4.158 %
R_work	0.2144	42208	-
all	0.217	-	-
obs	-	44039	82.681 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.281 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.179 Å²	-0 Å²	0.546 Å²
2-	-	-6.036 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.682 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.988→46.804 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5049	0	0	80	5129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	5179
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	4728
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.448	1.642	7022
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.299	1.58	10863
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.734	5	626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.4	22.381	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.269	15	846
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.85	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	672
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5922
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	4370
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	2593
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	2367
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.259	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.12	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.13	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.246	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.171	6.948	2510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.168	6.945	2509
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.681	10.401	3134
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.682	10.403	3135
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.093	7.284	2669
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.092	7.286	2670
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.904	10.741	3888
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.903	10.742	3889
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.68	80.467	6108
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.69	80.469	6096

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.988-2.039	0.341	70	0.393	1435	X-RAY DIFFRACTION	38.3635
2.039-2.095	0.425	80	0.354	1850	X-RAY DIFFRACTION	50.3391
2.095-2.156	0.379	85	0.328	2160	X-RAY DIFFRACTION	60.9723
2.156-2.222	0.332	113	0.343	2496	X-RAY DIFFRACTION	71.9526
2.222-2.295	0.333	105	0.324	2699	X-RAY DIFFRACTION	80.3899
2.295-2.375	0.363	131	0.295	2810	X-RAY DIFFRACTION	85.8686
2.375-2.465	0.356	121	0.271	2782	X-RAY DIFFRACTION	89.7928
2.465-2.566	0.368	114	0.264	2676	X-RAY DIFFRACTION	89.0805
2.566-2.679	0.294	117	0.236	2786	X-RAY DIFFRACTION	94.9313
2.679-2.81	0.323	115	0.215	2667	X-RAY DIFFRACTION	96.1964
2.81-2.962	0.29	113	0.237	2528	X-RAY DIFFRACTION	97.167
2.962-3.141	0.293	106	0.218	2483	X-RAY DIFFRACTION	98.4785
3.141-3.357	0.268	100	0.223	2315	X-RAY DIFFRACTION	98.4509
3.357-3.626	0.275	91	0.21	2126	X-RAY DIFFRACTION	97.9673
3.626-3.971	0.226	87	0.175	1954	X-RAY DIFFRACTION	97.2831
3.971-4.438	0.258	81	0.17	1824	X-RAY DIFFRACTION	99.374
4.438-5.121	0.243	68	0.177	1583	X-RAY DIFFRACTION	97.9241
5.121-6.263	0.262	60	0.219	1379	X-RAY DIFFRACTION	99.3099
6.263-8.821	0.242	46	0.173	1048	X-RAY DIFFRACTION	97.8533
8.821-46.804	0.229	28	0.2	607	X-RAY DIFFRACTION	99.374

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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