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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gxm | ||||||
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タイトル | HUMAN SUGP1 433-586 | ||||||
![]() | SURP and G-patch domain-containing protein 1 | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / pre-mRNA splicing. | ||||||
機能・相同性 | ![]() mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA processing / RNA binding / nucleoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xu, K. / Tong, L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: DHX15 is involved in SUGP1-mediated RNA missplicing by mutant SF3B1 in cancer. 著者: Zhang, J. / Huang, J. / Xu, K. / Xing, P. / Huang, Y. / Liu, Z. / Tong, L. / Manley, J.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 76.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ejmC ![]() 8gxlSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18384.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 7.5), 25% (w/v) polyethylene glycol 3350. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 8896 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 27.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.91 Å / Num. unique obs: 887 / CC1/2: 0.87 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 8GXL 解像度: 2.81→44.95 Å / SU ML: 0.3656 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 32.9018 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 84.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.81→44.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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