PDB-8gxd: L-LEUCINE DEHYDROGENASE FROM EXIGUOBACTERIUM SIBIRICUM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gxd

タイトル

L-LEUCINE DEHYDROGENASE FROM EXIGUOBACTERIUM SIBIRICUM

要素

Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / L-LEUCINE DEHYDROGENASE

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-NH2 group of donors, NAD or NADP as acceptor / amino acid metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Exiguobacterium sibiricum (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.02 Å

データ登録者

Mu, X. / Nie, Y. / Wu, T. / Wang, Y. / Zhang, N. / Yin, D. / Xu, Y.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: Reshaping Substrate-Binding Pocket of Leucine Dehydrogenase for Bidirectionally Accessing Structurally Diverse Substrates
著者: Wu, T. / Wang, Y. / Zhang, N. / Yin, D. / Xu, Y. / Nie, Y. / Mu, X.

履歴

登録	2022年9月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gxd.cif.gz	83.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gxd.ent.gz	61.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gxd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gxd_validation.pdf.gz	434.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gxd_full_validation.pdf.gz	443.6 KB	表示
XML形式データ	8gxd_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	8gxd_validation.cif.gz	12.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/8gxd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/8gxd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6acfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase

ヘテロ分子

41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.990, 152.990, 132.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-401- GOL

#1: タンパク質	Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase 分子量: 40600.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Exiguobacterium sibiricum (strain DSM 17290 / CIP 109462 / JCM 13490 / 255-15) (バクテリア) 遺伝子: Exig_0916 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1YLR3, EC: 1.4.1.9
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.14 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M calcium chloride, 0.1M sodium acetate buffer (pH 4.6), 20% glycerol (w/v)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.02→47.62 Å / Num. obs: 15638 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 3.02→3.2 Å / Num. unique obs: 2418 / CC_1/2: 0.699

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ACF

6acf

解像度: 3.02→47.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.871 / SU B: 15.959 / SU ML: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.595 / ESU R Free: 0.344 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2552	815	5.2 %	RANDOM
R_work	0.2134	-	-	-
obs	0.2156	14819	99.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.38 Å² / B_iso mean: 45.146 Å² / B_iso min: 8.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.77 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.02→47.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2786	0	22	31	2839
B_iso mean	-	-	61.17	23.49	-
残基数	-	-	-	-	366

LS精密化シェル

解像度: 3.02→3.095 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.437	62	-
R_work	0.351	1036	-
obs	-	-	97.08 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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