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- PDB-8gw3: Crystal structure of human TAK1 kinase domain fused with TAB1 -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8gw3
タイトルCrystal structure of human TAK1 kinase domain fused with TAB1
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7, TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


histone kinase activity / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / linear polyubiquitin binding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / MAP kinase kinase kinase kinase activity / cardiac septum development / I-kappaB phosphorylation / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 3 signaling pathway ...histone kinase activity / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / linear polyubiquitin binding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / MAP kinase kinase kinase kinase activity / cardiac septum development / I-kappaB phosphorylation / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 3 signaling pathway / type II transforming growth factor beta receptor binding / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / JUN kinase kinase kinase activity / coronary vasculature development / ATAC complex / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / anoikis / non-canonical NF-kappaB signal transduction / interleukin-1-mediated signaling pathway / aorta development / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / protein serine/threonine phosphatase activity / mitogen-activated protein kinase p38 binding / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / p38MAPK cascade / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of JUN kinase activity / cellular response to angiotensin / MAP kinase activity / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of cell size / heart morphogenesis / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / JNK cascade / positive regulation of cell cycle / protein serine/threonine kinase binding / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / positive regulation of interleukin-2 production / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / protein serine/threonine kinase activator activity / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / lung development / Activation of NF-kappaB in B cells / transcription coactivator binding / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / NOD1/2 Signaling Pathway / positive regulation of T cell cytokine production / receptor tyrosine kinase binding / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / MAPK cascade / Downstream TCR signaling / cellular response to tumor necrosis factor / T cell receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / scaffold protein binding / DNA-binding transcription factor binding / molecular adaptor activity / cellular response to hypoxia / in utero embryonic development / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / defense response to bacterium / immune response / inflammatory response / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site ...: / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7 / TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Liu, J. / Sun, W. / Gao, J.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82188101 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91849204 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21837004 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92049303 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32170755 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071297 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human TAK1 kinase domain fused with TAB1
著者: Liu, J. / Sun, W. / Gao, J.
履歴
登録2022年9月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7, TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7, TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7, TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7, TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,9614
ポリマ－146,9614
非ポリマー00
水7,548419
1
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7, TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7401
ポリマ－36,7401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7, TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7401
ポリマ－36,7401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7, TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7401
ポリマ－36,7401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7, TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7401
ポリマ－36,7401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.814, 196.460, 72.415
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.240, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 27 through 28 or (resid 29...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 27 through 28 or (resid 29...
d_3ens_1(chain "C" and ((resid 27 and (name N or name...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 27 through 38 or (resid 39...

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.908533671474, -0.137151875545, -0.39465925915), (0.150070192722, -0.988673540695, -0.0018886995489), (-0.389930128426, -0.0609425382155, 0.918825610212)-26.872786073, -15.2940877128, 10.023598406
2given(0.548533489215, 0.21244612604, -0.808688849151), (0.227213328307, -0.968660645383, -0.100352665765), (-0.804664597612, -0.128698087076, -0.57961339506)40.3620988963, -63.1231727507, 60.3199787482
3given(-0.193497513955, -0.0484936547101, 0.979901565233), (-0.188124573993, 0.982078393324, 0.0114531229673), (-0.96289555859, -0.182127413694, -0.199152575751)-15.3835102126, 51.7773334707, 51.8419200578

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要素

#1: タンパク質
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7, TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 / Transforming growth factor-beta-activated kinase 1 / TGF-beta-activated kinase 1 / Mitogen- ...Transforming growth factor-beta-activated kinase 1 / TGF-beta-activated kinase 1 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7-interacting protein 1 / TGF-beta-activated kinase 1-binding protein 1 / TAK1-binding protein 1


分子量: 36740.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TAK1 kinase domain (15-303), TAB1(468-504) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K7, TAK1, TAB1, MAP3K7IP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O43318, UniProt: Q15750, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.07 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2% (v/v) Tacsimate pH7.0, 0.1M HEPES pH 7.5, 20%(w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→65.5 Å / Num. obs: 70634 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 40.87 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.05→2.25 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3532 / CC1/2: 0.669 / Rpim(I) all: 0.49 / % possible all: 53.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDS20210323データ削減
Aimless1.12.2データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EVA

2eva


解像度: 2.05→58.63 Å / SU ML: 0.3125 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.2765
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2582 3539 5.02 %
Rwork0.2213 66961 -
obs0.2232 70500 69.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→58.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9039 0 0 419 9458
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00889298
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.074712678
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05691399
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00921611
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.61331270
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.858610503034
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.20140607511
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.20847932904
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.080.220510.395539X-RAY DIFFRACTION1.01
2.08-2.110.731330.3779119X-RAY DIFFRACTION2.99
2.11-2.140.3778140.3535295X-RAY DIFFRACTION7.72
2.14-2.170.6003220.3533559X-RAY DIFFRACTION14.32
2.17-2.210.3731370.3415844X-RAY DIFFRACTION22.06
2.21-2.250.4521720.32421284X-RAY DIFFRACTION32.9
2.25-2.290.32531120.33441757X-RAY DIFFRACTION46.13
2.29-2.330.34891300.32682095X-RAY DIFFRACTION54.43
2.33-2.380.3531210.32072458X-RAY DIFFRACTION63.33
2.38-2.430.31281470.32572579X-RAY DIFFRACTION67.66
2.43-2.490.35761780.31582803X-RAY DIFFRACTION72.5
2.49-2.550.3521490.31533068X-RAY DIFFRACTION79.53
2.55-2.620.36451570.3043335X-RAY DIFFRACTION85.25
2.62-2.70.36922030.29153584X-RAY DIFFRACTION93.25
2.7-2.780.32831980.29163780X-RAY DIFFRACTION98.17
2.78-2.880.34421950.27353810X-RAY DIFFRACTION98.69
2.88-30.31991830.26213888X-RAY DIFFRACTION99.44
3-3.140.27691880.25513866X-RAY DIFFRACTION99.29
3.14-3.30.30321900.25013852X-RAY DIFFRACTION99.14
3.3-3.510.27271990.22663788X-RAY DIFFRACTION97.51
3.51-3.780.22741780.19663840X-RAY DIFFRACTION99.09
3.78-4.160.22161960.17813833X-RAY DIFFRACTION98.77
4.16-4.760.20432070.1533812X-RAY DIFFRACTION97.88
4.76-60.2032340.17943841X-RAY DIFFRACTION99.22
6-58.630.20832250.18863832X-RAY DIFFRACTION98.14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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