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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gw2 | ||||||
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タイトル | Escherichia Coli Heat Labile Enterotoxin Type IIB B-Pentamer Circular Permutant CP13-14 | ||||||
![]() | Heat-labile enterotoxin IIB, B chain | ||||||
![]() | TOXIN / E. coli / LTIIB / LT-IIb-B5 / adjuvant / Toll-like receptor binding / TLR2/TLR1 signaling pathway / GD1a binding / ganglioside binding / circular permutation | ||||||
機能・相同性 | perturbation of signal transduction in another organism / Type II heat-labile enterotoxin, B subunit / Type II heat-labile enterotoxin, B subunit superfamily / Type II heat-labile enterotoxin , B subunit (LT-IIB) / Enterotoxin / host cell membrane / toxin activity / extracellular region / Heat-labile enterotoxin IIB, B chain![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hsu, S.H. / Yuan, Y.T. / Sue, S.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Escherichia Coli Heat Labile Enterotoxin Type IIB B-Pentamer Circular Permutant (CP13-14) 著者: Hsu, S.H. / Yuan, Y.T. / Sue, S.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 131.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 471.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 484.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1qb5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11066.447 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 6, 0.1 M MgCl2, 15% v/v Polyethylene glycol 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.71→30 Å / Num. obs: 13510 / % possible obs: 98.48 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 40.66 Å2 / CC1/2: 0.84 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.71→2.8 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1289 / Rrim(I) all: 0.64 / % possible all: 98.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1QB5 解像度: 2.71→25.78 Å / SU ML: 0.424 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.2647 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.09 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.71→25.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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