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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gva | |||||||||
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タイトル | The intermediate structure of hAE2 in basic pH | |||||||||
要素 | Anion exchange protein 2 | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / chloride / bicarbonate | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of enamel mineralization / Bicarbonate transporters / amelogenesis / monoatomic anion transmembrane transporter activity / chloride:bicarbonate antiporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / digestive tract development / bicarbonate transport ...negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of enamel mineralization / Bicarbonate transporters / amelogenesis / monoatomic anion transmembrane transporter activity / chloride:bicarbonate antiporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / digestive tract development / bicarbonate transport / monoatomic anion transport / regulation of bone resorption / transmembrane transporter activity / osteoclast differentiation / regulation of actin cytoskeleton organization / regulation of intracellular pH / transmembrane transport / spermatogenesis / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / focal adhesion / enzyme binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, Q. / Jian, L. / Yao, D. / Rao, B. / Hu, K. / Xia, Y. / Cao, Y. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: The structural basis of the pH-homeostasis mediated by the Cl/HCO exchanger, AE2. 著者: Qing Zhang / Liyan Jian / Deqiang Yao / Bing Rao / Ying Xia / Kexin Hu / Shaobai Li / Yafeng Shen / Mi Cao / An Qin / Jie Zhao / Yu Cao / 要旨: The cell maintains its intracellular pH in a narrow physiological range and disrupting the pH-homeostasis could cause dysfunctional metabolic states. Anion exchanger 2 (AE2) works at high cellular pH ...The cell maintains its intracellular pH in a narrow physiological range and disrupting the pH-homeostasis could cause dysfunctional metabolic states. Anion exchanger 2 (AE2) works at high cellular pH to catalyze the exchange between the intracellular HCO and extracellular Cl, thereby maintaining the pH-homeostasis. Here, we determine the cryo-EM structures of human AE2 in five major operating states and one transitional hybrid state. Among those states, the AE2 shows the inward-facing, outward-facing, and intermediate conformations, as well as the substrate-binding pockets at two sides of the cell membrane. Furthermore, critical structural features were identified showing an interlock mechanism for interactions among the cytoplasmic N-terminal domain and the transmembrane domain and the self-inhibitory effect of the C-terminal loop. The structural and cell-based functional assay collectively demonstrate the dynamic process of the anion exchange across membranes and provide the structural basis for the pH-sensitive pH-rebalancing activity of AE2. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gva.cif.gz | 211.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gva.ent.gz | 153.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gva.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gva_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gva_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8gva_validation.xml.gz | 41.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gva_validation.cif.gz | 61 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/8gva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/8gva | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34289MC 8gv8C 8gv9C 8gvcC 8gveC 8gvfC 8gvhC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 137176.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC4A2, AE2, EPB3L1, HKB3, MPB3L / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04920 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Anion exchange protein 2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.137 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 522410 / 対称性のタイプ: POINT |