+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8guf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of cyclic B subunit of type II heat labile enterotoxin | ||||||
要素 | (Heat-labile enterotoxin IIB, B chain) x 2 | ||||||
キーワード | RECOMBINATION / mucosal adjuvant / B subunit of type II heat labile enterotoxin | ||||||
機能・相同性 | perturbation of signal transduction in another organism / Type II heat-labile enterotoxin, B subunit / Type II heat-labile enterotoxin, B subunit superfamily / Type II heat-labile enterotoxin , B subunit (LT-IIB) / Enterotoxin / host cell membrane / toxin activity / extracellular region / Heat-labile enterotoxin IIB, B chain 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å | ||||||
データ登録者 | Peng, Y.J. / Wu, C.Y. / Sue, S.C. | ||||||
資金援助 | 台湾, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of cyclic B subunit of type II heat labile enterotoxin 著者: Peng, Y.J. / Wu, C.Y. / Sue, S.C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8guf.cif.gz | 105.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8guf.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8guf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8guf_validation.pdf.gz | 463.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8guf_full_validation.pdf.gz | 471.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8guf_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8guf_validation.cif.gz | 25.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/8guf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/8guf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1qb5S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11066.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: linker portion(GSGS) including Gly and Ser, one Serine's electron density is missing 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P43529 #2: タンパク質 | 分子量: 11066.449 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P43529 配列の詳細 | Structure is a cyclic form. Gly1 is connected to Ser103. | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M Sodium Citrate, 10% w/v PEG 8000 / PH範囲: 5-6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 0.97622 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年5月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97622 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→30 Å / Num. obs: 33337 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 25.44 Å2 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 27.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 4 % / Num. unique obs: 3258 / CC1/2: 0.979 / CC star: 0.995 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.186 / Χ2: 0.99 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1QB5 解像度: 1.99→29.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 4.76 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 95.98 Å2 / Biso mean: 26.743 Å2 / Biso min: 13.33 Å2
| |||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.99→29.42 Å
| |||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.99→2.041 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|