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- PDB-8guf: Crystal structure of cyclic B subunit of type II heat labile ente... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8guf
タイトルCrystal structure of cyclic B subunit of type II heat labile enterotoxin
要素(Heat-labile enterotoxin IIB, B chain) x 2
キーワードRECOMBINATION / mucosal adjuvant / B subunit of type II heat labile enterotoxin
機能・相同性Type II heat-labile enterotoxin, B subunit / Type II heat-labile enterotoxin, B subunit superfamily / Type II heat-labile enterotoxin , B subunit (LT-IIB) / Enterotoxin / host cell membrane / toxin activity / extracellular region / Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Peng, Y.J. / Wu, C.Y. / Sue, S.C.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of cyclic B subunit of type II heat labile enterotoxin
著者: Peng, Y.J. / Wu, C.Y. / Sue, S.C.
履歴
登録2022年9月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
B: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
C: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
D: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain
E: Heat-labile enterotoxin IIB, B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3325
ポリマ－55,3325
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, equilibrium centrifugation, gel filtration, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11840 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.129, 70.178, 60.772
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Heat-labile enterotoxin IIB, B chain / LT-IIB


分子量: 11066.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: linker portion(GSGS) including Gly and Ser, one Serine's electron density is missing
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P43529
#2: タンパク質 Heat-labile enterotoxin IIB, B chain / LT-IIB


分子量: 11066.449 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P43529
Has protein modificationY
配列の詳細Structure is a cyclic form. Gly1 is connected to Ser103.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M Sodium Citrate, 10% w/v PEG 8000 / PH範囲: 5-6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→30 Å / Num. obs: 33337 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 25.44 Å2 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 4 % / Num. unique obs: 3258 / CC1/2: 0.979 / CC star: 0.995 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.186 / Χ2: 0.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX1.20.1-4487精密化
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QB5

1qb5


解像度: 1.99→29.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 4.76 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2597 1626 4.9 %RANDOM
Rwork0.2141 ---
obs0.2164 31717 97.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.98 Å2 / Biso mean: 26.743 Å2 / Biso min: 13.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å2-0 Å20.07 Å2
2--0.2 Å2-0 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→29.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3830 0 0 0 3830
残基数----513
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.041 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 99 -
Rwork0.238 2318 -
all-2417 -
obs--96.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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