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- PDB-8gu7: Selective targeting of the Beclin 2-Atg14L coiled coil complex by... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gu7
タイトルSelective targeting of the Beclin 2-Atg14L coiled coil complex by stapled peptides promotes autophagy and endolysosomal trafficking of GPCRs
要素
  • Beclin 1-associated autophagy-related key regulator
  • Beclin-2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / PI3KC3 complex / Beclin 2 / Autophagy
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled receptor catabolic process / extrinsic component of omegasome membrane / : / regulation of triglyceride metabolic process / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / Macroautophagy / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site ...G protein-coupled receptor catabolic process / extrinsic component of omegasome membrane / : / regulation of triglyceride metabolic process / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / Macroautophagy / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / response to mitochondrial depolarisation / protein targeting to lysosome / phagophore assembly site membrane / late endosome to vacuole transport / early endosome to late endosome transport / phagophore assembly site / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / autophagosome membrane docking / post-transcriptional regulation of gene expression / endosome to lysosome transport / axoneme / autophagosome membrane / autophagosome maturation / autophagosome assembly / mitophagy / regulation of macroautophagy / phosphatidylinositol 3-kinase binding / cellular response to glucose starvation / phagocytic vesicle / autophagosome / cellular response to starvation / negative regulation of protein phosphorylation / macroautophagy / regulation of protein phosphorylation / autophagy / GTPase binding / protein-macromolecule adaptor activity / positive regulation of protein phosphorylation / protein phosphorylation / endoplasmic reticulum membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
UV radiation resistance protein/autophagy-related protein 14 / Vacuolar sorting 38 and autophagy-related subunit 14 / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region
類似検索 - ドメイン・相同性
Beclin-2 / Beclin 1-associated autophagy-related key regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Qiu, X. / Zhao, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000864 中国
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2023
タイトル: The potent BECN2-ATG14 coiled-coil interaction is selectively critical for endolysosomal degradation of GPRASP1/GASP1-associated GPCRs.
著者: Qiu, X. / Li, N. / Yang, Q. / Wu, S. / Li, X. / Pan, X. / Yamamoto, S. / Zhang, X. / Zeng, J. / Liao, J. / He, C. / Wang, R. / Zhao, Y.
履歴
登録2022年9月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator
B: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator
C: Beclin-2
D: Beclin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9844
ポリマ－35,9844
非ポリマー00
水1086
1
A: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator
D: Beclin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9922
ポリマ－17,9922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area5390 Å2
手法PISA
2
B: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator
C: Beclin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9922
ポリマ－17,9922
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area5450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.500, 72.500, 68.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Beclin 1-associated autophagy-related key regulator / Barkor / Autophagy-related protein 14-like protein / Atg14L


分子量: 7021.218 Da / 分子数: 2 / 変異: C22L,C34S,G36L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Atg14, Atg14L, D14Ertd436e, Kiaa0831 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CDJ3
#2: タンパク質 Beclin-2 / Beclin-1 autophagy-related pseudogene 1 / Beclin-1-like protein 1


分子量: 10970.921 Da / 分子数: 2 / 変異: R243L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BECN2, BECN1L1, BECN1P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8MW95
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.8 M Ammonium citrate tribasic, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 289 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→51.26 Å / Num. obs: 6736 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / Num. unique obs: 951 / CC1/2: 0.972 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
SCALEITデータ削減
SCALAデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8GT9

8gt9


解像度: 2.6→41.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 0.012 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2397 280 4.7 %RANDOM
Rwork0.2174 ---
obs0.2183 5705 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 172.69 Å2 / Biso mean: 66.999 Å2 / Biso min: 33.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.83 Å20 Å20 Å2
2---0.83 Å20 Å2
3---1.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→41.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1093 0 0 6 1099
Biso mean---59.6 -
残基数----132
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 16 -
Rwork0.189 410 -
all-426 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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