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- PDB-8gu3: Crystal structure of Caenorhabditis elegans METT-10 methyltransfe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gu3
タイトルCrystal structure of Caenorhabditis elegans METT-10 methyltransferase domain
要素U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SAM homeostasis / U6 snRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


U6 snRNA m6A methyltransferase / U6 snRNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase activity / vulval development / 23S rRNA (adenine(1618)-N(6))-methyltransferase activity / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / rRNA base methylation / centrosome cycle / embryo development ending in birth or egg hatching / post-transcriptional regulation of gene expression ...U6 snRNA m6A methyltransferase / U6 snRNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase activity / vulval development / 23S rRNA (adenine(1618)-N(6))-methyltransferase activity / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / rRNA base methylation / centrosome cycle / embryo development ending in birth or egg hatching / post-transcriptional regulation of gene expression / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / meiotic cell cycle / cell division / nucleus
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase METTL16/PsiM / RNA methyltransferase / METTL16/RlmF family / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Ju, J. / Tomita, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H03980 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Structure of the Caenorhabditis elegans m6A methyltransferase METT10 that regulates SAM homeostasis.
著者: Ju, J. / Aoyama, T. / Yashiro, Y. / Yamashita, S. / Kuroyanagi, H. / Tomita, K.
履歴
登録2022年9月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5051
ポリマ－36,5051
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12690 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)43.210, 70.080, 94.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase / N6-adenosine-methyltransferase mett-10


分子量: 36504.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: mett-10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q09357, U6 snRNA m6A methyltransferase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: ammonium acetate, Tris-HCl pH8.5, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01→47.12 Å / Num. obs: 6086 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.545 % / Biso Wilson estimate: 83.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 0.899 / Net I/σ(I): 17.92 / Num. measured all: 76348
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.01-3.0812.3771.3411.5955454524480.6911.39899.1
3.08-3.1713.8051.0772.2658674254250.8141.119100
3.17-3.2613.4670.7633.3155624134130.9120.793100
3.26-3.3613.3580.6933.8455574164160.9210.72100
3.36-3.4713.1840.4676.1150763853850.9660.486100
3.47-3.5913.0470.4036.8249973833830.9770.42100
3.59-3.7312.6230.3039.4946583693690.9870.316100
3.73-3.8812.4970.21113.1343743503500.9910.221100
3.88-4.0511.2190.15717.0738373433420.9930.16599.7
4.05-4.2510.6680.12421.1734353223220.9940.13100
4.25-4.4810.9810.09624.4635253213210.9970.101100
4.48-4.7512.3670.0863237103003000.9980.09100
4.75-5.0813.370.07934.5636502732730.9970.082100
5.08-5.4913.130.08529.4736242762760.9990.088100
5.49-6.0113.2270.07332.5831482382380.9980.076100
6.01-6.7212.8020.0735.5528422222220.9980.073100
6.72-7.7612.4980.05242.6825372032030.9990.054100
7.76-9.511.8910.0448.6120691741740.9990.042100
9.5-13.4411.1250.03550.6216021441440.9990.036100
13.44-47.128.9390.03444.1773385820.9990.03696.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6B91

6b91


解像度: 3.01→47.12 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2975 305 5.01 %
Rwork0.2414 5780 -
obs0.2438 6085 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 256.44 Å2 / Biso mean: 103.7401 Å2 / Biso min: 47.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.01→47.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2039 0 0 0 2039
残基数----256
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.01-3.790.34051490.268828312980
3.79-47.120.28561560.233229493105
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.7015 Å / Origin y: -0.421 Å / Origin z: -9.7799 Å
111213212223313233
T0.5512 Å20.172 Å20.1763 Å2-0.6411 Å2-0.0107 Å2--0.7041 Å2
L2.3797 °2-1.4799 °21.9121 °2-8.7535 °2-4.9607 °2--5.3709 °2
S-0.3086 Å °-0.5257 Å °0.0505 Å °0.8014 Å °0.8218 Å °0.1623 Å °-1.1309 Å °-0.6587 Å °-0.3372 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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