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万見
- PDB-8gtu: Crystal Structure of putative amino acid binding periplasmic ABC ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gtu
タイトルCrystal Structure of putative amino acid binding periplasmic ABC transporter protein from Candidatus Liberibacter asiaticus in complex with Clidinium
要素Putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / amino acid binding receptors / periplasmic amino acid binding protein / Candidatus Liberibacter asiaticus
機能・相同性Solute-binding protein family 3, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 signature. / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / periplasmic space / membrane / Chem-KG2 / Putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein
機能・相同性情報
生物種Liberibacter asiaticus
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Lonare, S. / Sharma, M. / Sharma, A.K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2019/001909 インド
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2023
タイトル: Identification and evaluation of potential inhibitor molecules against TcyA from Candidatus Liberibacter asiaticus.
著者: Lonare, S. / Sharma, M. / Dalal, V. / Gubyad, M. / Kumar, P. / Nath Gupta, D. / Pareek, A. / Tomar, S. / Kumar Ghosh, D. / Kumar, P. / Kumar Sharma, A.
履歴
登録2022年9月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein
B: Putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9364
ポリマ－55,2312
非ポリマー7052
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area20450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.600, 87.440, 123.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein


分子量: 27615.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Liberibacter asiaticus (strain psy62) (バクテリア)
株: psy62 / 遺伝子: CLIBASIA_05070 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6XGT2
#2: 化合物 ChemComp-KG2 / [(3~{S})-1-methyl-1-azoniabicyclo[2.2.2]octan-3-yl] 2-oxidanyl-2,2-diphenyl-ethanoate


分子量: 352.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES BUFFER, 2.5M AMMONIUM SULFATE, pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→50.44 Å / Num. obs: 16502 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.56→2.56 Å / Num. unique obs: 1989 / CC1/2: 0.721

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A80

6a80


解像度: 2.56→50.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 27.497 / SU ML: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.39 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2915 812 4.9 %RANDOM
Rwork0.2113 ---
obs0.2151 15644 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109.95 Å2 / Biso mean: 40.369 Å2 / Biso min: 14.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å20 Å20 Å2
2--1.15 Å2-0 Å2
3----2.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.56→50.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3770 0 52 97 3919
Biso mean--73.36 38.74 -
残基数----470
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0124114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6231.6495596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9645515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg17.3695.2737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.36310729
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2622
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023126
LS精密化 シェル解像度: 2.564→2.63 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 58 -
Rwork0.294 1136 -
all-1194 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.680.75210.77132.51230.62782.577-0.008-0.0326-0.09930.0088-0.0432-0.05750.05140.0250.05120.01690.01570.01850.01730.03010.105517.5999-17.7075-13.3984
22.6301-0.40640.48991.4663-0.17472.0555-0.00910.12680.11670.0979-0.0669-0.006-0.126-0.01440.07590.0552-0.01880.01520.0513-0.00940.106224.0542-21.286-44.9977
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 301
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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