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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gti | ||||||
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タイトル | Corticotropin-releasing hormone receptor 1(CRF1R) bound with BMK-C205 by XFEL | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Enterobacteria phage T6 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Cho, H.S. / Kim, H. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Exp.Mol.Med. / 年: 2023 タイトル: Structure-based drug discovery of a corticotropin-releasing hormone receptor 1 antagonist using an X-ray free-electron laser. 著者: Kim, H. / Lim, T. / Ha, G.E. / Lee, J.Y. / Kim, J.W. / Chang, N. / Kim, S.H. / Kim, K.H. / Lee, J. / Cho, Y. / Kim, B.W. / Abrahamsson, A. / Kim, S.H. / Kim, H.J. / Park, S. / Lee, S.J. / ...著者: Kim, H. / Lim, T. / Ha, G.E. / Lee, J.Y. / Kim, J.W. / Chang, N. / Kim, S.H. / Kim, K.H. / Lee, J. / Cho, Y. / Kim, B.W. / Abrahamsson, A. / Kim, S.H. / Kim, H.J. / Park, S. / Lee, S.J. / Park, J. / Cheong, E. / Kim, B.M. / Cho, H.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gti.cif.gz | 128.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gti.ent.gz | 78.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gti.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gti_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gti_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8gti_validation.xml.gz | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gti_validation.cif.gz | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/8gti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/8gti | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gtgC 8gtmC 4k5yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32685.355 Da / 分子数: 1 変異: V120A, L144A, W156A, S160A, K228A, F260A, I277A, Y309A, F330A, S349A, Y363A 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRHR1, CRFR, CRFR1, CRHR 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P34998-2 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 18113.703 Da / 分子数: 1 / 変異: C1052S, C1095S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T6 (ファージ) 遺伝子: e, EcT6_00117 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A346FJK3, lysozyme | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-OLA / #4: 化合物 | ChemComp-0JS / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4.5 詳細: 0.05M Na-Citrate(4.5), 0.06M NaCl 20~30% PEG 400(w/v) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: 自由電子レーザー / サイト: PAL-XFEL / ビームライン: NCI / 波長: 1.278 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.278 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→56.64 Å / Num. obs: 29223 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 429.2 % / Biso Wilson estimate: 55.4 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 8.14 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.227 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.26 / Num. unique obs: 2916 / CC1/2: 0.67 / CC star: 0.896 / % possible all: 99.76 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: fixed target |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4k5y 解像度: 2.2→56.64 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.0519 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→56.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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