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- PDB-8gsv: Crystal structure of human BAK in complex with the Pxt1 BH3 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gsv
タイトルCrystal structure of human BAK in complex with the Pxt1 BH3 domain
要素
  • Bcl-2 homologous antagonist/killer
  • Peroxisomal testis-specific protein 1
キーワードAPOPTOSIS / Peroxisomal testis-specific 1 / Pxt1 / Bak / BH3
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation and oligomerization of BAK protein / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / response to mycotoxin / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis ...Activation and oligomerization of BAK protein / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / response to mycotoxin / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / B cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / fibroblast apoptotic process / response to UV-C / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / porin activity / thymocyte apoptotic process / pore complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / vagina development / B cell homeostasis / positive regulation of proteolysis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / blood vessel remodeling / animal organ regeneration / cellular response to unfolded protein / Pyroptosis / heat shock protein binding / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of mitochondrial membrane potential / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / epithelial cell proliferation / response to gamma radiation / positive regulation of protein-containing complex assembly / apoptotic signaling pathway / establishment of localization in cell / response to hydrogen peroxide / cellular response to mechanical stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / peroxisome / protein-folding chaperone binding / channel activity / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / apoptotic process / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxisomal testis-specific protein 1 / Peroxisomal testis-specific protein 1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. ...Peroxisomal testis-specific protein 1 / Peroxisomal testis-specific protein 1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2 homologous antagonist/killer / Peroxisomal testis-specific protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lim, D. / Ku, B.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019M3E5D6063955 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)KGM9952213 韓国
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2023
タイトル: Structural basis for proapoptotic activation of Bak by the noncanonical BH3-only protein Pxt1.
著者: Lim, D. / Choe, S.H. / Jin, S. / Lee, S. / Kim, Y. / Shin, H.C. / Choi, J.S. / Oh, D.B. / Kim, S.J. / Seo, J. / Ku, B.
履歴
登録2022年9月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: Peroxisomal testis-specific protein 1
C: Bcl-2 homologous antagonist/killer
D: Peroxisomal testis-specific protein 1
E: Bcl-2 homologous antagonist/killer
F: Peroxisomal testis-specific protein 1
G: Bcl-2 homologous antagonist/killer
H: Peroxisomal testis-specific protein 1
I: Bcl-2 homologous antagonist/killer
J: Peroxisomal testis-specific protein 1
K: Bcl-2 homologous antagonist/killer
L: Peroxisomal testis-specific protein 1
M: Bcl-2 homologous antagonist/killer
N: Peroxisomal testis-specific protein 1
O: Bcl-2 homologous antagonist/killer
P: Peroxisomal testis-specific protein 1
Q: Bcl-2 homologous antagonist/killer
R: Peroxisomal testis-specific protein 1
S: Bcl-2 homologous antagonist/killer
T: Peroxisomal testis-specific protein 1
U: Bcl-2 homologous antagonist/killer
V: Peroxisomal testis-specific protein 1
W: Bcl-2 homologous antagonist/killer
X: Peroxisomal testis-specific protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,20524
ポリマ－267,20524
非ポリマー00
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.997, 108.365, 108.416
Angle α, β, γ (deg.)120.03, 90.02, 89.98
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Bcl-2 homologous antagonist/killer / Apoptosis regulator BAK / Bcl-2-like protein 7 / Bcl2-L-7


分子量: 18764.014 Da / 分子数: 12 / 変異: C166S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAK1, BAK, BCL2L7, CDN1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16611
#2: タンパク質・ペプチド
Peroxisomal testis-specific protein 1 / Small testis-specific peroxisomal protein


分子量: 3503.047 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PXT1, STEPP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NFP0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M Sodium citrate(pH 4.8) and 17 % PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 136032 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.288 / Num. unique obs: 6695

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VWZ

5vwz


解像度: 2.2→46.942 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.7 / 位相誤差: 26.23 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 1203 1.59 %
Rwork0.2106 --
obs0.2153 130707 93.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17052 0 0 206 17258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01117433
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09723577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.7416243
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0542541
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063066
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2035-2.25860.29421240.28647386X-RAY DIFFRACTION73
2.2586-2.31960.24571440.28287885X-RAY DIFFRACTION80
2.3196-2.38780.27441420.26388785X-RAY DIFFRACTION87
2.3878-2.46480.42221260.27189165X-RAY DIFFRACTION92
2.4648-2.55280.28821400.25919200X-RAY DIFFRACTION94
2.5528-2.65490.21371490.2529591X-RAY DIFFRACTION95
2.6549-2.77560.26421640.2419568X-RAY DIFFRACTION96
2.7756-2.92170.27451480.24059549X-RAY DIFFRACTION96
2.9217-3.10440.24421260.22749513X-RAY DIFFRACTION96
3.1044-3.34360.29571430.22439606X-RAY DIFFRACTION96
3.3436-3.67910.24631400.20989616X-RAY DIFFRACTION96
3.6791-4.20930.28751480.1829447X-RAY DIFFRACTION96
4.2093-5.29490.22691440.15669468X-RAY DIFFRACTION95
5.2949-24.92460.261540.18669697X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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