[日本語] English
万見
- PDB-8gsq: Structure based studies reveal an atypical antipsychotic drug can... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gsq
タイトルStructure based studies reveal an atypical antipsychotic drug candidate - Paliperidone as a potent hSOD1 modulator with implications in ALS treatment.
要素(Superoxide dismutase [Cu- ...) x 4
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Superoxide Dismutase (スーパーオキシドディスムターゼ) / ALS (筋萎縮性側索硬化症) / antipsychotic (抗精神病薬) / oxidation (酸化還元反応) / oxidoreductase-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to antipsychotic drug / response to carbon monoxide / dense core granule / : / action potential initiation / cellular response to potassium ion / neurofilament cytoskeleton organization / anterograde axonal transport / retrograde axonal transport / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway ...response to antipsychotic drug / response to carbon monoxide / dense core granule / : / action potential initiation / cellular response to potassium ion / neurofilament cytoskeleton organization / anterograde axonal transport / retrograde axonal transport / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus / superoxide anion generation / retina homeostasis / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / regulation of protein kinase activity / response to copper ion / myeloid cell homeostasis / cellular response to ATP / muscle cell cellular homeostasis / regulation of GTPase activity / heart contraction / superoxide metabolic process / positive regulation of catalytic activity / スーパーオキシドディスムターゼ / Detoxification of Reactive Oxygen Species / transmission of nerve impulse / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / superoxide dismutase activity / neuronal action potential / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / ectopic germ cell programmed cell death / glutathione metabolic process / positive regulation of phagocytosis / ovarian follicle development / axon cytoplasm / 着床 / cellular response to cadmium ion / response to amphetamine / reactive oxygen species metabolic process / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / dendrite cytoplasm / removal of superoxide radicals / response to nutrient levels / positive regulation of superoxide anion generation / regulation of mitochondrial membrane potential / thymus development / locomotory behavior / placenta development / response to organic substance / positive regulation of cytokine production / determination of adult lifespan / sensory perception of sound / response to hydrogen peroxide / ミトコンドリア / small GTPase binding / 血圧 / negative regulation of inflammatory response / ペルオキシソーム / Platelet degranulation / 遺伝子発現 / response to heat / protein-folding chaperone binding / cytoplasmic vesicle / 精子形成 / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / リソソーム / ミトコンドリアマトリックス / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / response to antibiotic / neuronal cell body / apoptotic process / protein-containing complex / ミトコンドリア / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K4I / Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Aouti, S. / Padmanabhan, B.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Indian Council of Medical Research インド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structure-based discovery of an antipsychotic drug, paliperidone, as a modulator of human superoxide dismutase 1: a potential therapeutic target in amyotrophic lateral sclerosis.
著者: Aouti, S. / Padavattan, S. / Padmanabhan, B.
履歴
登録2022年9月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,80226
ポリマ－159,23410
非ポリマー1,56816
水17,853991
1
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2336
ポリマ－31,9182
非ポリマー3154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13890 Å2
手法PISA
2
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3046
ポリマ－31,9892
非ポリマー3154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13890 Å2
手法PISA
3
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1146
ポリマ－31,7992
非ポリマー3154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13890 Å2
手法PISA
4
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1034
ポリマ－31,6112
非ポリマー4922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13460 Å2
手法PISA
5
I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0484
ポリマ－31,9182
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.793, 202.455, 143.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

-
Superoxide dismutase [Cu- ... , 4種, 10分子 ABDFIJCEGH

#1: タンパク質
Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase 1 / hSod1


分子量: 15958.757 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P00441, スーパーオキシドディスムターゼ
#2: タンパク質 Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase 1 / hSod1


分子量: 16029.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P00441, スーパーオキシドディスムターゼ
#3: タンパク質 Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase 1 / hSod1


分子量: 15840.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HEL-S-44 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: V9HWC9, スーパーオキシドディスムターゼ
#4: タンパク質 Superoxide dismutase [Cu-Zn]


分子量: 15770.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HEL-S-44 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: V9HWC9, スーパーオキシドディスムターゼ

-
非ポリマー , 4種, 1007分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-K4I / (9~{R})-3-[2-[4-(6-fluoranyl-1,2-benzoxazol-3-yl)piperidin-1-yl]ethyl]-2-methyl-9-oxidanyl-6,7,8,9-tetrahydropyrido[1,2-a]pyrimidin-4-one


分子量: 426.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27FN4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 991 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Sodium Citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→101.23 Å / Num. obs: 142935 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 33.81 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.04→2.076 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.911 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 7478 / CC1/2: 0.769 / Rpim(I) all: 0.393 / Rrim(I) all: 0.994 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
autoPROCv1.1.7データ削減
autoPROCv1.1.7データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6a9o

6a9o


解像度: 2.1→95.39 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2078 6508 4.99 %
Rwork0.1744 --
obs0.176 130482 94.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→95.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10963 0 76 991 12030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.857
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.3631611
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591679
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052072
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.120.24172380.21754310X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.150.26612120.21284389X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.180.24772370.21894356X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.20.26232500.21854353X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.230.29252020.22484020X-RAY DIFFRACTION93
2.23-2.2300.279916X-RAY DIFFRACTION5
2.26-2.290.25192200.21414044X-RAY DIFFRACTION99
2.29-2.330.22322050.21054372X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.370.26172280.21724399X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.40.26442030.22194395X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.450.25722420.22854318X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.490.292310.2264396X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.540.2862170.21514378X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.590.26772310.21134392X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.650.27862270.21834233X-RAY DIFFRACTION98
2.65-2.710.2419920.22941650X-RAY DIFFRACTION38
2.71-2.780.2532430.22264387X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.850.25882480.22694335X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.930.24462560.23324369X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.030.25492320.20874406X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.140.20352290.18384371X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.260.21022230.17034421X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.410.19992540.16524384X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.590.18582320.16284407X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.820.17972130.1554438X-RAY DIFFRACTION100
3.82-4.110.15862320.13174405X-RAY DIFFRACTION100
4.11-4.520.15422150.12154459X-RAY DIFFRACTION100
4.52-5.180.14992330.12754455X-RAY DIFFRACTION100
5.18-6.520.17562310.1524494X-RAY DIFFRACTION100
6.52-95.390.19492320.16114622X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る