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- PDB-8grf: Crystal structure of F-box protein in the ternary complex with ad... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8grf
タイトルCrystal structure of F-box protein in the ternary complex with adaptor protein Skp1(DL) and its substrate
要素
  • Citrate synthase
  • E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit
  • F-box protein UCC1
キーワードTRANSFERASE/LIGASE / F-box protein / glyoxylate cycle / E3 ubiquitin ligase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-LIGASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / citrate metabolic process / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cullin family protein binding / tricarboxylic acid cycle / mitotic cell cycle / carbohydrate metabolic process / protein ubiquitination / mitochondrial matrix / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Citrate synthase, eukaryotic-type / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain ...Citrate synthase, eukaryotic-type / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit / Citrate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Nishio, K. / Nakatsukasa, K. / Kamura, T. / Mizushima, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H03198 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24112009 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Defective import of mitochondrial metabolic enzyme elicits ectopic metabolic stress.
著者: Nishio, K. / Kawarasaki, T. / Sugiura, Y. / Matsumoto, S. / Konoshima, A. / Takano, Y. / Hayashi, M. / Okumura, F. / Kamura, T. / Mizushima, T. / Nakatsukasa, K.
履歴
登録2022年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Citrate synthase
B: Citrate synthase
C: F-box protein UCC1
D: E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,75914
ポリマ－168,1384
非ポリマー62110
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.407, 150.976, 160.384
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Citrate synthase


分子量: 51476.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CIT2, GI527_G0000583 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q445
#2: タンパク質 F-box protein UCC1


分子量: 42828.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: W303-1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit


分子量: 22357.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SKP1, GI527_G0001262 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q435
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
解説: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 70 mM Na citrate pH 5.5, 10.5% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→36.64 Å / Num. obs: 63124 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 51.24 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 24.58
反射 シェル解像度: 2.53→2.62 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.09 / Num. unique obs: 6158 / CC1/2: 0.828

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.53→36.64 Å / SU ML: 0.3941 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.936
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 3783 3.15 %
Rwork0.2153 116431 -
obs0.2164 63066 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→36.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10914 0 40 158 11112
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001711287
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.425615291
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03731668
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00351963
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1744202
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.53-2.560.37711220.3284023X-RAY DIFFRACTION90.15
2.56-2.590.36531370.3174313X-RAY DIFFRACTION99.51
2.59-2.630.36981630.32614291X-RAY DIFFRACTION99.78
2.63-2.670.44581290.36974344X-RAY DIFFRACTION97.94
2.67-2.710.45961640.37614157X-RAY DIFFRACTION97.72
2.71-2.750.37771170.29174417X-RAY DIFFRACTION99.93
2.75-2.790.32291540.27954304X-RAY DIFFRACTION99.96
2.79-2.840.30771420.26934355X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.890.31761420.26464354X-RAY DIFFRACTION100
2.89-2.950.29391330.24334406X-RAY DIFFRACTION99.96
2.95-3.010.26951360.23994345X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.070.31361500.24274376X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.150.28371450.25044340X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.220.21421340.24154370X-RAY DIFFRACTION99.96
3.22-3.310.31811480.23574308X-RAY DIFFRACTION99.98
3.31-3.410.27651430.24094384X-RAY DIFFRACTION99.93
3.41-3.520.32041290.25014364X-RAY DIFFRACTION99.03
3.52-3.650.23921660.22164302X-RAY DIFFRACTION99.73
3.65-3.790.28241350.23164350X-RAY DIFFRACTION99.51
3.79-3.960.23811340.22923960X-RAY DIFFRACTION91.32
3.96-4.170.21631430.17634356X-RAY DIFFRACTION99.98
4.17-4.430.18551240.16954370X-RAY DIFFRACTION100
4.43-4.780.16961510.15844352X-RAY DIFFRACTION100
4.78-5.250.20751410.17264354X-RAY DIFFRACTION99.98
5.26-6.010.23571290.19394385X-RAY DIFFRACTION99.98
6.01-7.570.19531400.19554346X-RAY DIFFRACTION100
7.57-36.640.17061320.15664205X-RAY DIFFRACTION96.21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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