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- PDB-8grd: Crystal structure of a constitutively active mutant of the alpha ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8grd
タイトルCrystal structure of a constitutively active mutant of the alpha beta heterodimer of human IDH3 in complex with ADP and Mg
要素
  • Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
  • Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / Isocitrate dehydrogenase / NAD-dependent IDH / assembly / allosteric regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


isocitrate dehydrogenase (NAD+) / isocitrate dehydrogenase (NAD+) activity / Citric acid cycle (TCA cycle) / isocitrate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / carbohydrate metabolic process / mitochondrial matrix / magnesium ion binding ...isocitrate dehydrogenase (NAD+) / isocitrate dehydrogenase (NAD+) activity / Citric acid cycle (TCA cycle) / isocitrate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / carbohydrate metabolic process / mitochondrial matrix / magnesium ion binding / mitochondrion / nucleus
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NAD-dependent / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial / Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.699 Å
データ登録者Chen, X. / Sun, P. / Ding, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870723 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structures of a constitutively active mutant of human IDH3 reveal new insights into the mechanisms of allosteric activation and the catalytic reaction.
著者: Chen, X. / Sun, P. / Liu, Y. / Shen, S. / Ma, T. / Ding, J.
履歴
登録2022年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
B: Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2294
ポリマ－75,7772
非ポリマー4522
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area25610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.897, 165.897, 129.583
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial / Isocitric dehydrogenase subunit alpha / NAD(+)-specific ICDH subunit alpha


分子量: 36625.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50213, isocitrate dehydrogenase (NAD+)
#2: タンパク質 Isoform A of Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial / Isocitric dehydrogenase subunit beta / NAD(+)-specific ICDH subunit beta


分子量: 39152.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43837-2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 0.1 M sodium cacodylate (pH 5.1), 0.1 M calcium acetate, 10% (w/v) PEG 8000, 4 mM ADP, 4 mM CIT and 0.4 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年5月11日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.699→50 Å / Num. obs: 25101 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.3 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.152 / Χ2: 0.478 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.75261.08612300.9040.2161.1070.43699.9
2.75-2.824.70.96812340.9160.1970.9880.443100
2.8-2.85230.79312430.9320.1680.8110.46100
2.85-2.9125.30.70512260.9560.1420.7190.446100
2.91-2.9728.20.59212390.9730.1130.6030.459100
2.97-3.0428.40.51512330.9750.0980.5240.46100
3.04-3.1228.10.44112470.9820.0840.4490.467100
3.12-3.2280.35312300.9890.0680.360.472100
3.2-3.327.80.31812410.9910.0610.3240.54100
3.3-3.427.70.24812440.9930.0480.2530.482100
3.4-3.5227.20.24512430.9960.0480.2490.582100
3.52-3.6627.20.1912450.9970.0370.1930.524100
3.66-3.8326.40.16612660.9970.0330.1690.58100
3.83-4.0324.70.1412450.9980.0290.1430.566100
4.03-4.2922.60.09112480.9990.0190.0930.483100
4.29-4.6227.70.07612690.9990.0150.0780.461100
4.62-5.0827.70.069126210.0130.0710.447100
5.08-5.8127.20.07912800.9990.0150.0810.435100
5.81-7.3225.20.06813040.9990.0140.070.398100
7.32-5023.50.04213720.9990.0090.0430.414100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KDF

6kdf


解像度: 2.699→23.313 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2418 1248 5.01 %
Rwork0.194 23667 -
obs0.1965 24915 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.4 Å2 / Biso mean: 50.1481 Å2 / Biso min: 25.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.699→23.313 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5012 0 28 54 5094
Biso mean--43.57 47.97 -
残基数----652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095123
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0416914
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054790
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006886
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.8343122
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.699-2.80680.32591350.2474257599
2.8068-2.93430.32411370.24422595100
2.9343-3.08870.3191380.23222606100
3.0887-3.28170.25461370.23042608100
3.2817-3.53430.31481380.22322624100
3.5343-3.88850.2711380.19572612100
3.8885-4.44780.19651380.16822651100
4.4478-5.5910.18921420.15922678100
5.591-23.3130.2051450.1807271897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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