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- PDB-8gr9: Crystal structure of peroxisomal citrate synthase (Cit2) from Sac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gr9
タイトルCrystal structure of peroxisomal citrate synthase (Cit2) from Saccharomyces cerevisiae in complex with oxaloacetate and coenzyme-A
要素Citrate synthase
キーワードTRANSFERASE / glyoxylate cycle / peroxisomal protein / citrate metabolism / SCFUcc1 ubiquitin ligase / proteasome-dependent degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


citrate (Si)-synthase activity / citrate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process / mitochondrial matrix
類似検索 - 分子機能
Citrate synthase, eukaryotic-type / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / : / OXALOACETATE ION / Citrate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Nishio, K. / Nakatsukasa, K. / Kamura, T. / Mizushima, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H03198 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24112009 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Defective import of mitochondrial metabolic enzyme elicits ectopic metabolic stress.
著者: Nishio, K. / Kawarasaki, T. / Sugiura, Y. / Matsumoto, S. / Konoshima, A. / Takano, Y. / Hayashi, M. / Okumura, F. / Kamura, T. / Mizushima, T. / Nakatsukasa, K.
履歴
登録2022年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Citrate synthase
B: Citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,35113
ポリマ－102,9522
非ポリマー1,39911
水14,754819
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12730 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area30940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.079, 129.659, 68.127
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.574, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Citrate synthase


分子量: 51476.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CIT2, GI527_G0000583 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q445

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非ポリマー , 6種, 830分子

#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION


分子量: 131.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 819 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 80 mM KCl, 80 mM HEPES pH 7.5, 12% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→34.13 Å / Num. obs: 160915 / % possible obs: 99.09 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 17.45 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 23.68
反射 シェル解像度: 1.48→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.02 / Num. unique obs: 16181 / CC1/2: 0.838

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.48→34.13 Å / SU ML: 0.1443 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.751
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1978 3979 1.24 %
Rwork0.178 315976 -
obs0.1782 160885 98.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→34.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6868 0 81 819 7768
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00367163
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70149716
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06641060
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041243
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.36272668
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.48-1.490.30481310.290510434X-RAY DIFFRACTION91.39
1.49-1.510.28151610.269211463X-RAY DIFFRACTION99.86
1.51-1.530.30161290.267211325X-RAY DIFFRACTION98.86
1.53-1.550.26341360.248211411X-RAY DIFFRACTION99.83
1.55-1.580.25291460.240911537X-RAY DIFFRACTION99.94
1.58-1.60.2421430.226811348X-RAY DIFFRACTION99.97
1.6-1.620.26481310.22211523X-RAY DIFFRACTION99.93
1.62-1.650.26481510.212211422X-RAY DIFFRACTION99.94
1.65-1.680.20231490.199811416X-RAY DIFFRACTION99.95
1.68-1.710.23091420.196311526X-RAY DIFFRACTION99.95
1.71-1.740.20871410.198211452X-RAY DIFFRACTION99.84
1.74-1.780.22031420.185211355X-RAY DIFFRACTION99.97
1.78-1.820.22691410.189611446X-RAY DIFFRACTION99.97
1.82-1.860.24251550.183711509X-RAY DIFFRACTION99.92
1.86-1.910.2011420.197311384X-RAY DIFFRACTION99.53
1.91-1.960.21411470.192111410X-RAY DIFFRACTION99.42
1.96-2.010.20171460.185311368X-RAY DIFFRACTION99.93
2.01-2.080.24441390.176311420X-RAY DIFFRACTION99.6
2.08-2.150.20361420.179211502X-RAY DIFFRACTION99.97
2.15-2.240.17281480.169711440X-RAY DIFFRACTION99.86
2.24-2.340.18161460.172411384X-RAY DIFFRACTION99.64
2.34-2.470.19651360.170711429X-RAY DIFFRACTION99.96
2.47-2.620.22691520.174911476X-RAY DIFFRACTION99.91
2.62-2.820.17861430.167511423X-RAY DIFFRACTION99.93
2.82-3.110.16261430.166711471X-RAY DIFFRACTION99.92
3.11-3.560.17551410.157311360X-RAY DIFFRACTION99.45
3.56-4.480.16291400.152310701X-RAY DIFFRACTION93.3
4.48-34.130.19121160.17079041X-RAY DIFFRACTION78.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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