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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gqw | ||||||
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タイトル | The Crystal Structures of a Swine SLA-2*HB01 Molecules Complexed with a CTL epitope from Asia1 serotype of Foot-and-mouth disease virus | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM/EPITOPE / SLA-2 / foot-and-mouth disease virus / crystal / peptide / epitope / CTL / Complex / Peptide presentation / universal vaccine candidate / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-EPITOPE complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation / MHC class I protein complex ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å | ||||||
データ登録者 | Feng, L. / Gao, Y.Y. / Sun, M.W. / Li, Z.B. / Zhang, Q. / Yang, J. / Qiao, C. / Jin, H. / Feng, H.S. / Xian, Y.H. ...Feng, L. / Gao, Y.Y. / Sun, M.W. / Li, Z.B. / Zhang, Q. / Yang, J. / Qiao, C. / Jin, H. / Feng, H.S. / Xian, Y.H. / Qi, J.X. / Gao, G.F. / Liu, W.J. / Gao, F.S. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cells / 年: 2022 タイトル: The Parallel Presentation of Two Functional CTL Epitopes Derived from the O and Asia 1 Serotypes of Foot-and-Mouth Disease Virus and Swine SLA-2*HB01: Implications for Universal Vaccine Development. 著者: Feng, L. / Gao, Y.Y. / Sun, M. / Li, Z.B. / Zhang, Q. / Yang, J. / Qiao, C. / Jin, H. / Feng, H.S. / Xian, Y.H. / Qi, J. / Gao, G.F. / Liu, W.J. / Gao, F.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gqw.cif.gz | 323.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gqw.ent.gz | 262.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gqw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gqw_validation.pdf.gz | 458.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gqw_full_validation.pdf.gz | 467.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8gqw_validation.xml.gz | 30.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gqw_validation.cif.gz | 42.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gqvC 1q94S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31746.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: SLA-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E3WHS2 #2: タンパク質 | 分子量: 11431.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07717 #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1072.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス) #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.29 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium acetate, PEG, BIS-TRIS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97892 Å |
検出器 | タイプ: MAATEL IMAGINE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年5月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97892 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.48→50 Å / Num. obs: 28939 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 39.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 13.879 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rsym value: 0.631 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1Q94 解像度: 2.48→41.558 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.23 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 147.53 Å2 / Biso mean: 40.87 Å2 / Biso min: 9.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.48→41.558 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 11.3919 Å / Origin y: -8.135 Å / Origin z: -14.4256 Å
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精密化 TLSグループ |
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