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- PDB-8gqw: The Crystal Structures of a Swine SLA-2*HB01 Molecules Complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gqw
タイトルThe Crystal Structures of a Swine SLA-2*HB01 Molecules Complexed with a CTL epitope from Asia1 serotype of Foot-and-mouth disease virus
要素
  • Hu64
  • MHC class I antigen
  • beta 2 microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM/EPITOPE / SLA-2 / foot-and-mouth disease virus / crystal / peptide / epitope / CTL / Complex / Peptide presentation / universal vaccine candidate / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-EPITOPE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / positive regulation of T cell activation / phagocytic vesicle membrane / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / extracellular region
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Feng, L. / Gao, Y.Y. / Sun, M.W. / Li, Z.B. / Zhang, Q. / Yang, J. / Qiao, C. / Jin, H. / Feng, H.S. / Xian, Y.H. ...Feng, L. / Gao, Y.Y. / Sun, M.W. / Li, Z.B. / Zhang, Q. / Yang, J. / Qiao, C. / Jin, H. / Feng, H.S. / Xian, Y.H. / Qi, J.X. / Gao, G.F. / Liu, W.J. / Gao, F.S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31172304 and 31672525 中国
引用ジャーナル: Cells / 年: 2022
タイトル: The Parallel Presentation of Two Functional CTL Epitopes Derived from the O and Asia 1 Serotypes of Foot-and-Mouth Disease Virus and Swine SLA-2*HB01: Implications for Universal Vaccine Development.
著者: Feng, L. / Gao, Y.Y. / Sun, M. / Li, Z.B. / Zhang, Q. / Yang, J. / Qiao, C. / Jin, H. / Feng, H.S. / Xian, Y.H. / Qi, J. / Gao, G.F. / Liu, W.J. / Gao, F.S.
履歴
登録2022年8月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: beta 2 microglobulin
C: Hu64
D: MHC class I antigen
E: beta 2 microglobulin
F: Hu64


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5006
ポリマ－88,5006
非ポリマー00
水3,549197
1
A: MHC class I antigen
B: beta 2 microglobulin
C: Hu64


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2503
ポリマ－44,2503
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19110 Å2
手法PISA
2
D: MHC class I antigen
E: beta 2 microglobulin
F: Hu64


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2503
ポリマ－44,2503
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.626, 98.458, 166.233
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31746.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: SLA-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E3WHS2
#2: タンパク質 beta 2 microglobulin


分子量: 11431.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07717
#3: タンパク質・ペプチド Hu64


分子量: 1072.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.29 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium acetate, PEG, BIS-TRIS

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: MAATEL IMAGINE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→50 Å / Num. obs: 28939 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 39.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 13.879
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rsym value: 0.631 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q94

1q94


解像度: 2.48→41.558 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 1467 5.08 %
Rwork0.2133 27415 -
obs0.2157 28882 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 147.53 Å2 / Biso mean: 40.87 Å2 / Biso min: 9.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.48→41.558 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6238 0 0 197 6435
Biso mean---33.39 -
残基数----764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066410
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1498696
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1890
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8212378
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4802-2.56880.35291220.2785255293
2.5688-2.67170.32471580.27072692100
2.6717-2.79330.30021500.26372686100
2.7933-2.94050.32651510.25422721100
2.9405-3.12470.32271320.24852736100
3.1247-3.36580.27521460.23052743100
3.3658-3.70430.25731440.20842767100
3.7043-4.23990.22871320.192782100
4.2399-5.34010.19641690.17112801100
5.3401-100.25431630.19822935100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.3919 Å / Origin y: -8.135 Å / Origin z: -14.4256 Å
111213212223313233
T0.1195 Å20.0095 Å20.029 Å2-0.1169 Å20.0223 Å2--0.1267 Å2
L0.0935 °20.0597 °20.129 °2-0.2723 °20.3023 °2--0.5065 °2
S-0.0093 Å °-0.0076 Å °-0.0117 Å °0.027 Å °-0.0167 Å °0.0217 Å °0.1185 Å °0.0158 Å °-0.0013 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 275
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 98
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 9
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 275
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 98
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 9
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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