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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gqr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of VioD with FAD | ||||||
要素 | VioD | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN / complex | ||||||
機能・相同性 | : / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / VioD 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Duganella sp. ZLP-XI (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Ran, T. / Wang, W. / Xu, M. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2023 タイトル: Structural basis for substrate binding and catalytic mechanism of the key enzyme VioD in the violacein synthesis pathway. 著者: Xu, M. / Xu, D. / Gao, M. / Zhuang, X. / Wang, W. / Sun, B. / Ran, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gqr.cif.gz | 174 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gqr.ent.gz | 132 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gqr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gqr_validation.pdf.gz | 979.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gqr_full_validation.pdf.gz | 985.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8gqr_validation.xml.gz | 32.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gqr_validation.cif.gz | 48.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8h0mC 3c4aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44543.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Duganella sp. ZLP-XI (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A024AX32 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.26 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→19.77 Å / Num. obs: 49417 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.982 / Rpim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / Num. unique obs: 3951 / CC1/2: 0.499 / Rpim(I) all: 0.677 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3C4A 解像度: 2.1→19.77 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.77 Å
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拘束条件 |
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