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万見
- PDB-8gqq: The three-dimensional structure of Cystatin A2, a cysteine protea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gqq
タイトルThe three-dimensional structure of Cystatin A2, a cysteine protease inhibitor from Dictyostelium discoideum
要素Cystatin-A2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cystatin A2 / cysteine protease inhibitor / inhibition activity
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of peptidase activity / Neutrophil degranulation / regulation of protein metabolic process / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I25A, stefin / Cystatin domain / Cystatin domain / Cystatin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Dictyostelium discoideum AX3 (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.069 Å
データ登録者Dinh, T.T. / Dao, O. / Lee, K.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The three-dimensional structure of Cystatin A2, a cysteine protease inhibitor from Dictyostelium discoideum
著者: Dinh, T.T. / Dao, O. / Lee, K.H.
履歴
登録2022年8月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystatin-A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8521
ポリマ－10,8521
非ポリマー00
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.273, 63.274, 24.911
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-220-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cystatin-A2


分子量: 10852.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum AX3 (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: cpiB, DDB_G0280439
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q65YR7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22% (w/v) PEG 2K, 100 mM MES pH 6.5, 60 mM sodium acetate, 10 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2022年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.069→24.911 Å / Num. obs: 42018 / % possible obs: 99.05 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 9.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.069→1.107 Å / Rmerge(I) obs: 0.39 / Num. unique obs: 4113

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KFQ

3kfq


解像度: 1.069→24.911 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1899 2041 4.86 %
Rwork0.1787 39967 -
obs0.1793 42008 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 45.58 Å2 / Biso mean: 14.9737 Å2 / Biso min: 5.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.069→24.911 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数762 0 0 132 894
Biso mean---25.19 -
残基数----99
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.069-1.09360.20591390.2049260898
1.0936-1.12090.21951070.19142652100
1.1209-1.15120.20681430.18772640100
1.1512-1.18510.19941030.17432701100
1.1851-1.22330.18861290.18272628100
1.2233-1.26710.19381490.18212658100
1.2671-1.31780.22321360.18712682100
1.3178-1.37780.19221530.17582635100
1.3778-1.45040.18921480.1792660100
1.4504-1.54130.19681380.16652663100
1.5413-1.66020.1621470.1612697100
1.6602-1.82730.17771460.17142667100
1.8273-2.09160.17461260.16712757100
2.0916-2.63470.18721450.17192738100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.1566 Å / Origin y: 16.2658 Å / Origin z: 4.6508 Å
111213212223313233
T0.0624 Å2-0.0081 Å20.0039 Å2-0.0642 Å2-0.0026 Å2--0.0315 Å2
L2.131 °20.0597 °20.0672 °2-1.7902 °20.0098 °2--1.8207 °2
S-0.0469 Å °-0.0274 Å °-0.0421 Å °-0.0288 Å °0.0124 Å °-0.0075 Å °0.038 Å °0.0716 Å °0.0287 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-3 - 95
2X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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