PDB-8gqq: The three-dimensional structure of Cystatin A2, a cysteine protea...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gqq

タイトル

The three-dimensional structure of Cystatin A2, a cysteine protease inhibitor from Dictyostelium discoideum

要素

Cystatin-A2

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / cystatin A2 / cysteine protease inhibitor / inhibition activity

機能・相同性

Proteinase inhibitor I25A, stefin / Neutrophil degranulation / Cystatin domain / Cystatin domain / Cystatin superfamily / regulation of proteolysis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cytosol / Cystatin-A2

機能・相同性情報

生物種

Dictyostelium discoideum AX3 (キイロタマホコリカビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.069 Å

データ登録者

Dinh, T.T. / Dao, O. / Lee, K.H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The three-dimensional structure of Cystatin A2, a cysteine protease inhibitor from Dictyostelium discoideum
著者: Dinh, T.T. / Dao, O. / Lee, K.H.

履歴

登録	2022年8月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gqq.cif.gz	57.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gqq.ent.gz	40.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gqq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gqq_validation.pdf.gz	412.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gqq_full_validation.pdf.gz	413.3 KB	表示
XML形式データ	8gqq_validation.xml.gz	7.1 KB	表示
CIF形式データ	8gqq_validation.cif.gz	9.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kfqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cystatin-A2

10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.273, 63.274, 24.911
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-220- HOH

#1: タンパク質	Cystatin-A2 分子量: 10852.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum AX3 (キイロタマホコリカビ) 遺伝子: cpiB, DDB_G0280439 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q65YR7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 22% (w/v) PEG 2K, 100 mM MES pH 6.5, 60 mM sodium acetate, 10 mM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2022年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.069→24.911 Å / Num. obs: 42018 / % possible obs: 99.05 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 9.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.069→1.107 Å / R_merge(I) obs: 0.39 / Num. unique obs: 4113

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KFQ

3kfq

解像度: 1.069→24.911 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1899	2041	4.86 %
R_work	0.1787	39967	-
obs	0.1793	42008	99.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 45.58 Å² / B_iso mean: 14.9737 Å² / B_iso min: 5.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.069→24.911 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	762	0	0	132	894
B_iso mean	-	-	-	25.19	-
残基数	-	-	-	-	99

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.069-1.0936	0.2059	139	0.2049	2608	98
1.0936-1.1209	0.2195	107	0.1914	2652	100
1.1209-1.1512	0.2068	143	0.1877	2640	100
1.1512-1.1851	0.1994	103	0.1743	2701	100
1.1851-1.2233	0.1886	129	0.1827	2628	100
1.2233-1.2671	0.1938	149	0.1821	2658	100
1.2671-1.3178	0.2232	136	0.1871	2682	100
1.3178-1.3778	0.1922	153	0.1758	2635	100
1.3778-1.4504	0.1892	148	0.179	2660	100
1.4504-1.5413	0.1968	138	0.1665	2663	100
1.5413-1.6602	0.162	147	0.161	2697	100
1.6602-1.8273	0.1777	146	0.1714	2667	100
1.8273-2.0916	0.1746	126	0.1671	2757	100
2.0916-2.6347	0.1872	145	0.1719	2738	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 2.1566 Å / Origin y: 16.2658 Å / Origin z: 4.6508 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0624 Å²	-0.0081 Å²	0.0039 Å²	-	0.0642 Å²	-0.0026 Å²	-	-	0.0315 Å²
L	2.131 °²	0.0597 °²	0.0672 °²	-	1.7902 °²	0.0098 °²	-	-	1.8207 °²
S	-0.0469 Å °	-0.0274 Å °	-0.0421 Å °	-0.0288 Å °	0.0124 Å °	-0.0075 Å °	0.038 Å °	0.0716 Å °	0.0287 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	-3 - 95
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	W	1 - 141

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)