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- PDB-8gqn: X-ray structure of thiolase with CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gqn
タイトルX-ray structure of thiolase with CoA
要素Thiolase
キーワードTRANSFERASE / acetyl-CoA acetyltransferase thiolase
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Probable acyl-CoA thiolase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hong, J. / Son, H.F. / Kim, K.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of thiolase from Pseudomonas aeruginosa PAO1
著者: Hong, J. / Son, H.F. / Kim, K.J.
履歴
登録2022年8月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiolase
B: Thiolase
C: Thiolase
D: Thiolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,7498
ポリマ－166,6794
非ポリマー3,0704
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.836, 94.180, 113.255
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Thiolase


分子量: 41669.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA3925 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD40
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% (w/v) PEG 3350 200 mM Magnesium formate dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 39810 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.178 / Χ2: 5.386 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 124439
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.752.50.29419360.8030.210.3642.34494.6
2.75-2.82.50.29219120.8030.2070.362.3595.5
2.8-2.852.60.27719480.8310.1920.3392.45594.6
2.85-2.912.60.26219140.8620.1820.3212.53795.7
2.91-2.972.70.24819730.8570.170.3032.74797
2.97-3.042.80.23319780.8870.1580.2832.80197
3.04-3.122.80.2319360.8960.1550.2793.17296
3.12-3.22.90.22119880.9110.1460.2663.51997.4
3.2-3.330.19619670.9170.1240.2334.05598.1
3.3-3.43.10.1919840.9370.1190.2254.50797.8
3.4-3.523.20.17120250.9550.1050.2014.97198.6
3.52-3.663.30.16320070.9520.0990.1915.73199.1
3.66-3.833.40.1620090.9580.0950.1876.40699.2
3.83-4.033.40.14620120.9660.0860.176.65298.1
4.03-4.293.50.13920240.9690.080.1617.54898.8
4.29-4.623.60.13420330.9750.0770.1558.46298.6
4.62-5.083.60.12519860.9710.0720.1446.84998.9
5.08-5.813.60.12820390.9760.0730.1486.34798.9
5.81-7.323.60.12220560.9780.0690.146.19499.1
7.32-503.70.10420830.9840.0590.129.19698.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N44

4n44


解像度: 2.7→34.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.819 / SU B: 20.091 / SU ML: 0.393 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.459 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3009 1963 4.9 %RANDOM
Rwork0.2089 ---
obs0.2133 37841 96.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.03 Å2 / Biso mean: 37.762 Å2 / Biso min: 6.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.65 Å20 Å23.87 Å2
2---6.2 Å20 Å2
3---2.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→34.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11268 0 192 42 11502
Biso mean--49.93 19.81 -
残基数----1558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01311599
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01511336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6281.63715688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.161.57826061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.89151553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.3521.673514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.503151957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3151583
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022428
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.765 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 125 -
Rwork0.329 2496 -
obs--86.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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