PDB-8gqm: Crystal structure of Thiolase complexed with acetyl coenzyme A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gqm

タイトル

Crystal structure of Thiolase complexed with acetyl coenzyme A

要素

Thiolase

キーワード

TRANSFERASE / acetyl-CoA acetyltransferase thiolase

機能・相同性

機能・相同性情報

acetyl-CoA C-acyltransferase activity / phenylacetate catabolic process / fatty acid beta-oxidation
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Hong, J. / Son, H.F. / Kim, K.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of thiolase from Pseudomonas aeruginosa PAO1
著者: Hong, J. / Son, H.F. / Kim, K.J.

履歴

登録	2022年8月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gqm.cif.gz	95 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gqm.ent.gz	67.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gqm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gqfC 8gqgC 8gqhC 8gqiC 8gqjC 8gqkC 8gqlC 8gqnC 1ulqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (10) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thiolase

ヘテロ分子

43.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiolase

ヘテロ分子

A: Thiolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
86.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.986, 90.970, 98.706
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Thiolase 分子量: 42475.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA2940 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HZQ7
#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% (v/v) 1,4-butanediol 100 mM Sodium acetate, pH 5.5 15mM Acetyl-CoA

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2022年5月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 65560 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.078 / Χ²: 1.449 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 475648

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.45-1.48	7.2	0.476	3258	0.919	0.19	0.514	1.094	100
1.48-1.5	7.3	0.48	3227	0.925	0.191	0.517	1.111	100
1.5-1.53	7.3	0.422	3267	0.937	0.168	0.455	1.179	100
1.53-1.56	7.3	0.359	3236	0.956	0.143	0.387	1.212	100
1.56-1.6	7.3	0.319	3223	0.962	0.127	0.344	1.252	100
1.6-1.63	7.3	0.284	3256	0.966	0.113	0.307	1.312	100
1.63-1.67	7.3	0.243	3249	0.97	0.097	0.263	1.374	100
1.67-1.72	7.4	0.218	3260	0.977	0.087	0.235	1.394	100
1.72-1.77	7.4	0.186	3268	0.985	0.074	0.2	1.421	100
1.77-1.83	7.4	0.159	3260	0.984	0.064	0.172	1.513	100
1.83-1.89	7.3	0.141	3254	0.988	0.056	0.152	1.494	100
1.89-1.97	7.3	0.124	3277	0.991	0.049	0.133	1.844	100
1.97-2.06	7.3	0.09	3261	0.996	0.036	0.097	1.469	100
2.06-2.17	7.3	0.076	3272	0.997	0.03	0.082	1.438	99.9
2.17-2.3	7.3	0.078	3280	0.996	0.031	0.084	2.141	100
2.3-2.48	7.3	0.059	3289	0.998	0.023	0.063	1.459	100
2.48-2.73	7.3	0.051	3304	0.998	0.02	0.055	1.405	99.9
2.73-3.12	7.2	0.043	3320	0.998	0.017	0.046	1.373	100
3.12-3.94	7	0.04	3325	0.999	0.016	0.043	1.721	99.4
3.94-50	6.7	0.041	3474	0.998	0.017	0.044	1.789	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ULQ

1ulq

解像度: 1.45→28.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 0.956 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.176	3186	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1525	-	-	-
obs	0.1537	62310	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.26 Å² / B_iso mean: 13.912 Å² / B_iso min: 6.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.77 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.36 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.45→28.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2730	0	57	383	3170
B_iso mean	-	-	25.27	27.2	-
残基数	-	-	-	-	377

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2779
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.889	1.635	3856
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.613	1.571	6366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.653	5	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.169	20.37	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.158	15	450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.011	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	381
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	627

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.486 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	228	-
R_work	0.203	4476	-
obs	-	-	97.67 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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