PDB-8gql: X-ray structure of Thiolase from Pseudomonas aeruginosa PAO1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gql

タイトル

X-ray structure of Thiolase from Pseudomonas aeruginosa PAO1

要素

Thiolase

キーワード

TRANSFERASE / acetyl-CoA acetyltransferase thiolase

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Hong, J. / Son, H.F. / Kim, K.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of thiolase from Pseudomonas aeruginosa PAO1
著者: Hong, J. / Son, H.F. / Kim, K.J.

履歴

登録	2022年8月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gql.cif.gz	288.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gql.ent.gz	232.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gql.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gql_validation.pdf.gz	466.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gql_full_validation.pdf.gz	482.9 KB	表示
XML形式データ	8gql_validation.xml.gz	55.2 KB	表示
CIF形式データ	8gql_validation.cif.gz	77.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gql ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gql	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gqfC 8gqgC 8gqhC 8gqiC 8gqjC 8gqkC 8gqmC 8gqnC 4n44S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (10) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thiolase

B: Thiolase

C: Thiolase

D: Thiolase

ヘテロ分子

167 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.098, 93.751, 111.526
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.290, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Thiolase 分子量: 41669.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA3925 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD40
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16% (w/v) PEG 3350 200 mM Magnesium acetate tetrahydrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 63474 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.179 / R_pim(I) all: 0.119 / R_rim(I) all: 0.215 / Χ²: 9.278 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 190736

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.3-2.34	3	0.432	3166	0.729	0.288	0.521	3.751	98.5
2.34-2.38	3	0.396	3161	0.759	0.263	0.477	3.998	98.5
2.38-2.43	3	0.384	3147	0.751	0.257	0.463	4.116	98.5
2.43-2.48	3	0.384	3156	0.759	0.256	0.463	4.911	98.7
2.48-2.53	3	0.36	3189	0.783	0.241	0.435	4.741	98.8
2.53-2.59	3	0.342	3134	0.777	0.229	0.414	5.433	97.9
2.59-2.66	3	0.314	3189	0.829	0.211	0.38	6.278	98.4
2.66-2.73	3	0.3	3161	0.81	0.203	0.364	6.049	98.8
2.73-2.81	3	0.266	3144	0.853	0.179	0.322	6.8	98.3
2.81-2.9	3	0.25	3156	0.863	0.168	0.303	7.388	98.7
2.9-3	3	0.233	3196	0.887	0.155	0.281	7.597	98.4
3-3.12	2.9	0.223	3177	0.889	0.15	0.27	9.058	98.5
3.12-3.26	3	0.208	3169	0.883	0.139	0.251	11.432	98.6
3.26-3.44	3	0.187	3168	0.875	0.125	0.226	12.678	98.6
3.44-3.65	3	0.173	3205	0.909	0.115	0.209	14.856	98.7
3.65-3.93	3	0.164	3160	0.881	0.111	0.199	18.703	98
3.93-4.33	2.9	0.144	3177	0.916	0.097	0.175	19.767	97.8
4.33-4.95	2.9	0.135	3159	0.928	0.091	0.164	18.61	97.2
4.95-6.24	3.2	0.126	3241	0.932	0.081	0.151	11.092	99.4
6.24-50	3.1	0.094	3219	0.973	0.061	0.113	9.389	96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4N44

4n44

解像度: 2.3→34.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.88 / SU B: 8.67 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.403 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2651	3092	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1908	-	-	-
obs	0.1944	60362	97.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.91 Å² / B_iso mean: 28.917 Å² / B_iso min: 11.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.84 Å²	0 Å²	0.46 Å²
2-	-	-2.3 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→34.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11196	0	6	321	11523
B_iso mean	-	-	34.37	27.9	-
残基数	-	-	-	-	1549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	11330
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	11154
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.747	1.631	15293
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.322	1.578	25635
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.092	5	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.399	21.952	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.068	15	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.791	15	81
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1539
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	13035
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2383

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.355 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	202	-
R_work	0.213	4164	-
obs	-	-	92.23 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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