PDB-8gqk: Crystal structure of Thiolase from Pseudomonas aeruginosa PAO1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gqk

タイトル

Crystal structure of Thiolase from Pseudomonas aeruginosa PAO1

要素

Thiolase

キーワード

TRANSFERASE / acetyl-CoA acetyltransferase thiolase

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Hong, J. / Son, H.F. / Kim, K.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of thiolase from Pseudomonas aeruginosa PAO1
著者: Hong, J. / Son, H.F. / Kim, K.J.

履歴

登録	2022年8月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gqk.cif.gz	163.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gqk.ent.gz	126.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gqk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gqk_validation.pdf.gz	458.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gqk_full_validation.pdf.gz	464 KB	表示
XML形式データ	8gqk_validation.xml.gz	32.4 KB	表示
CIF形式データ	8gqk_validation.cif.gz	46.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gqfC 8gqgC 8gqhC 8gqiC 8gqjC 8gqlC 8gqmC 8gqnC 4wyrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (10) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thiolase

B: Thiolase

ヘテロ分子

89.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiolase

B: Thiolase

ヘテロ分子

A: Thiolase

B: Thiolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
180 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	146.565, 146.565, 122.876
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Thiolase 分子量: 44689.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA2553 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I0T1
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 35% (v/v) 2-Ethoxyethanol 100 mM Sodium citrate/citric acid, pH 5.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 80669 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.118 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.126 / Χ²: 4.363 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 482149

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.15-2.19	4.3	0.294	3953	0.918	0.136	0.326	1.756	95.9
2.19-2.23	4.4	0.282	3909	0.922	0.13	0.312	1.788	95.7
2.23-2.27	4.7	0.267	3939	0.926	0.12	0.294	2.041	95.8
2.27-2.32	4.8	0.237	3877	0.963	0.104	0.261	2.091	94.8
2.32-2.37	4.9	0.23	3995	0.965	0.1	0.252	2.09	95.8
2.37-2.42	5	0.211	3943	0.966	0.091	0.231	2.226	96.2
2.42-2.48	5.2	0.206	3933	0.973	0.088	0.224	2.404	95.7
2.48-2.55	5.4	0.185	3976	0.979	0.076	0.201	2.605	97
2.55-2.62	5.4	0.178	4014	0.975	0.073	0.193	2.755	96.5
2.62-2.71	5.7	0.159	3959	0.986	0.064	0.172	3.057	96.9
2.71-2.81	5.9	0.152	4019	0.985	0.06	0.163	3.268	96.9
2.81-2.92	6.1	0.144	4025	0.987	0.056	0.154	3.567	97.2
2.92-3.05	6.3	0.135	4023	0.989	0.052	0.145	3.944	97.5
3.05-3.21	6.7	0.13	4061	0.989	0.049	0.139	4.267	98.2
3.21-3.41	7.2	0.119	4121	0.99	0.044	0.127	4.985	98.9
3.41-3.68	7.2	0.113	4103	0.989	0.041	0.12	5.995	98.9
3.68-4.05	7.3	0.107	4114	0.991	0.039	0.115	6.932	98.8
4.05-4.63	7.5	0.103	4171	0.991	0.038	0.11	7.596	99.4
4.63-5.83	7.6	0.101	4203	0.991	0.037	0.108	6.909	99.2
5.83-50	7.3	0.102	4331	0.989	0.039	0.11	7.575	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4wyr

4wyr

解像度: 2.15→31.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 3.391 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1993	4088	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1656	-	-	-
obs	0.1673	76571	97.13 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.93 Å² / B_iso mean: 40.374 Å² / B_iso min: 23.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.23 Å²	0.62 Å²	0 Å²
2-	-	1.23 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→31.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5716	0	26	358	6100
B_iso mean	-	-	64.04	47.03	-
残基数	-	-	-	-	784

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	5820
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	5634
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.808	1.634	7872
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.459	1.577	12904
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.268	5	782
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.09	20.68	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.176	15	938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.808	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	754
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	6768
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1312

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.205 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.23	290	-
R_work	0.23	5473	-
obs	-	-	94.86 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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