PDB-8gqf: Crystal structure of Thiolase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gqf

タイトル

Crystal structure of Thiolase

要素

Thiolase

キーワード

TRANSFERASE / acetyl-CoA acetyltransferase thiolase

機能・相同性

機能・相同性情報

acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hong, J. / Son, H.F. / Kim, K.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of thiolase from Pseudomonas aeruginosa PAO1
著者: Hong, J. / Son, H.F. / Kim, K.J.

履歴

登録	2022年8月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gqf.cif.gz	296.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gqf.ent.gz	235.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gqf_validation.pdf.gz	467.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gqf_full_validation.pdf.gz	478.8 KB	表示
XML形式データ	8gqf_validation.xml.gz	59.9 KB	表示
CIF形式データ	8gqf_validation.cif.gz	87.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gqgC 8gqhC 8gqiC 8gqjC 8gqkC 8gqlC 8gqmC 8gqnC 1ulqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (10) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thiolase

B: Thiolase

C: Thiolase

D: Thiolase

ヘテロ分子

170 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiolase

D: Thiolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
85.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thiolase

C: Thiolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.562, 82.266, 97.739
Angle α, β, γ (deg.)	90.010, 75.000, 89.950
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Thiolase 分子量: 42491.551 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F7QQ39
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 837 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 4% (v/v) polyethylenime 100 mM Sodium citrate, pH 5.6 500 mM Sodium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 134796 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.107 / Χ²: 3.781 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 462434

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	3.2	0.294	6617	0.901	0.187	0.35	1.752	95.2
1.83-1.86	3.2	0.277	6700	0.92	0.178	0.331	1.753	95.5
1.86-1.9	3.2	0.246	6602	0.929	0.157	0.293	1.699	95.7
1.9-1.94	3.3	0.223	6772	0.934	0.141	0.264	1.858	95.8
1.94-1.98	3.3	0.196	6631	0.957	0.123	0.232	1.944	96
1.98-2.03	3.4	0.173	6782	0.963	0.107	0.204	2.222	96.3
2.03-2.08	3.4	0.155	6695	0.968	0.095	0.183	2.591	96.4
2.08-2.13	3.5	0.145	6723	0.97	0.089	0.171	2.63	96.5
2.13-2.2	3.4	0.138	6797	0.973	0.084	0.162	2.853	96.6
2.2-2.27	3.5	0.122	6749	0.974	0.074	0.143	3.111	96.9
2.27-2.35	3.4	0.118	6757	0.979	0.072	0.138	3.27	96.7
2.35-2.44	3.4	0.106	6724	0.979	0.065	0.124	3.45	96.9
2.44-2.55	3.5	0.102	6812	0.982	0.062	0.119	3.587	97.2
2.55-2.69	3.5	0.096	6792	0.97	0.058	0.112	4.049	97.4
2.69-2.86	3.5	0.087	6821	0.976	0.052	0.102	4.126	97.6
2.86-3.08	3.6	0.081	6794	0.988	0.048	0.094	4.746	97.7
3.08-3.39	3.6	0.075	6848	0.989	0.044	0.087	5.245	97.9
3.39-3.88	3.6	0.075	6885	0.985	0.045	0.087	6.577	98.3
3.88-4.88	3.5	0.078	6658	0.979	0.048	0.092	9.208	95.5
4.88-50	3.4	0.079	6637	0.976	0.049	0.093	7.661	95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ULQ

1ulq

解像度: 1.8→31.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 3.024 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2202	6597	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1808	-	-	-
obs	0.1828	128199	95.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.04 Å² / B_iso mean: 21.262 Å² / B_iso min: 10.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.86 Å²	0.03 Å²	1.51 Å²
2-	-	-1.19 Å²	0.13 Å²
3-	-	-	1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→31.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10950	0	18	840	11808
B_iso mean	-	-	33.25	29.44	-
残基数	-	-	-	-	1513

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	11117
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	10931
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.691	1.63	15054
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.436	1.571	25044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.066	5	1509
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.203	20.687	524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.195	15	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.382	15	100
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	12858
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2454

LS精密化シェル

解像度: 1.802→1.848 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	450	-
R_work	0.247	8420	-
all	-	8870	-
obs	-	-	85.42 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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