+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8gqf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Thiolase | ||||||
Components | Thiolase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / acetyl-CoA acetyltransferase thiolase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Hong, J. / Son, H.F. / Kim, K.J. | ||||||
Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Structure of thiolase from Pseudomonas aeruginosa PAO1 Authors: Hong, J. / Son, H.F. / Kim, K.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8gqf.cif.gz | 296.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8gqf.ent.gz | 235.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8gqf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8gqf_validation.pdf.gz | 467.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8gqf_full_validation.pdf.gz | 478.8 KB | Display | |
Data in XML | 8gqf_validation.xml.gz | 59.9 KB | Display | |
Data in CIF | 8gqf_validation.cif.gz | 87.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8gqgC 8gqhC 8gqiC 8gqjC 8gqkC 8gqlC 8gqmC 8gqnC 1ulqS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 42491.551 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A0F7QQ39 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.76 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 4% (v/v) polyethylenime 100 mM Sodium citrate, pH 5.6 500 mM Sodium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 0.9793 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Mar 6, 2021 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 134796 / % possible obs: 96.6 % / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 3.781 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 462434 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1ULQ Resolution: 1.8→31.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.024 / SU ML: 0.092 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.124 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 78.04 Å2 / Biso mean: 21.262 Å2 / Biso min: 10.09 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→31.49 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.802→1.848 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|