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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gqd | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Complex Structure of Arginine Kinase McsB and McsA from Staphylococcus aureus | |||||||||||||||||||||||||||
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![]() | TRANSFERASE / Arginine kinase / Protein quality control / Zinc finger / Enzyme activation | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() protein arginine kinase / stress response to cadmium ion / phosphocreatine biosynthetic process / stress response to copper ion / creatine kinase activity / cobalt ion binding / cadmium ion binding / phosphorylation / kinase activity / protein kinase activity ...protein arginine kinase / stress response to cadmium ion / phosphocreatine biosynthetic process / stress response to copper ion / creatine kinase activity / cobalt ion binding / cadmium ion binding / phosphorylation / kinase activity / protein kinase activity / copper ion binding / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Lu, K. / Luo, B. / Tao, X. / Li, H. / Xie, Y. / Zhao, Z. / Xia, W. / Su, Z. / Mao, Z. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Complex Structure and Activation Mechanism of Arginine Kinase McsB by McsA 著者: Lu, K. / Luo, B. / Tao, X. / Li, H. / Xie, Y. / Zhao, Z. / Xia, W. / Su, Z. / Mao, Z. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 278.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 228.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 34200MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38653.918 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: mcsB / プラスミド: pET47b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 6596.689 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: mcsA / プラスミド: pET47b / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-ZN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: McsA-McsB complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最低温度: 78.2 K |
撮影 | 電子線照射量: 53 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4563787 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 268536 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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