PDB-8gqb: Crystal structure of lasso peptide epimerase MslH D11A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gqb

タイトル

Crystal structure of lasso peptide epimerase MslH D11A mutant

要素

Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein)

キーワード

ISOMERASE / epimerase / MslH

機能・相同性

Bacterial capsule synthesis protein PGA_cap / Capsule synthesis protein, CapA / Bacterial capsule synthesis protein PGA_cap / Metallo-dependent phosphatase-like / metal ion binding / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein)

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Nakashima, Y. / Morita, H.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of lasso peptide epimerase MslH reveals metal-dependent acid/base catalytic mechanism.
著者: Nakashima, Y. / Kawakami, A. / Ogasawara, Y. / Maeki, M. / Tokeshi, M. / Dairi, T. / Morita, H.

履歴

登録	2022年8月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年8月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gqb.cif.gz	218.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gqb.ent.gz	144.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gqb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gqb_validation.pdf.gz	810.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gqb_full_validation.pdf.gz	812.1 KB	表示
XML形式データ	8gqb_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	8gqb_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gqb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gq9SC 8gqaC 8itgC 8ithC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein)

ヘテロ分子

47.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein)

ヘテロ分子

x 8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
381 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	5_556	-x,y,-z+1	1
crystal symmetry operation	6_556	x,-y,-z+1	1
crystal symmetry operation	7_556	y,x,-z+1	1
crystal symmetry operation	8_556	-y,-x,-z+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.115, 127.115, 170.648
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422
Space group name Hall	I42
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: x,-y,-z #5: -x,y,-z #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-655- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein) 分子量: 47275.391 Da / 分子数: 1 / 変異: D11A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WP_063802928.1 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 遺伝子: EV578_104528 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V2TW40

-
非ポリマー , 5種, 131分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.26 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 5.00 mg/mL MslH D11A, 200 mM magnesium chloride, 100 mM Tris-HCl, 20% (w/v) PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.41→44.94 Å / Num. obs: 51614 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.3 % / B_iso Wilson estimate: 43.87 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 2.41→2.5 Å / 冗長度: 15.3 % / R_merge(I) obs: 1.425 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2833 / CC_1/2: 0.86 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8GQ9

8gq9

解像度: 2.41→44.94 Å / SU ML: 0.2998 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 25.8968
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2238	2662	5.16 %
R_work	0.1958	48952	-
obs	0.1973	51614	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.41→44.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3300	0	0	127	3427

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	3426
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4849	4669
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	527
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	628
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.9082	1260

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.41-2.45	0.3165	125	0.2954	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.5	0.3218	130	0.2949	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.5-2.55	0.3915	144	0.2945	2555	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.55-2.61	0.3175	146	0.2622	2552	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.61-2.67	0.3056	118	0.261	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.67-2.73	0.2517	149	0.2388	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.81	0.3181	141	0.2379	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.89	0.2402	129	0.2349	2550	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.89-2.98	0.3041	120	0.2335	2578	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.98-3.09	0.2368	118	0.2287	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.21	0.2909	148	0.211	2559	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.22-3.36	0.2326	142	0.1936	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-3.54	0.2187	128	0.1922	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.54-3.76	0.1957	133	0.1799	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-4.05	0.1998	148	0.1687	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
4.05-4.46	0.1819	155	0.1523	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
4.46-5.1	0.156	137	0.148	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1-6.42	0.2132	191	0.1934	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
6.43-44.94	0.198	160	0.1766	2560	X-RAY DIFFRACTION	99.85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.13193996915	0.806143873841	-0.13304505095	0.666697218836	-0.186119097431	1.78024663636	0.0615428839283	0.0880338939925	0.0991802142005	-0.0316317343556	-0.040583888192	-0.0287514005308	-0.331382077969	-0.0520001309986	-0.00245737437863	0.475960628974	-0.0046138726238	0.0272329279146	0.38483757493	0.0585226849938	0.381630554568	25.2269771996	28.0221381588	47.8599444829
2	1.3680899546	0.0405824453487	-0.25128620889	0.805184230226	-0.0235326397803	2.08790920315	0.0525994559835	0.0339723392816	-0.0478289478466	-0.0177072219236	-0.0510161799111	0.0644977591027	-0.233575499339	-0.120229288602	-0.0109094809893	0.348966371656	-0.0278759809864	0.0041258444735	0.350614645413	0.0260883021153	0.353050402579	15.6667721294	17.073756023	61.135420833
3	0.636609693749	0.0513958288014	-0.25982466255	0.983370197182	0.056369219955	0.648389666401	0.0528136003469	-0.162329695684	0.027057200264	0.169427164164	-0.067942314174	-0.0778907989236	0.054433311494	0.191286152306	0.0142920345545	0.345828119925	-0.0136725865135	-0.000407592069149	0.376828625495	0.0294129581153	0.33790472444	30.1934741528	18.3771096409	79.4368897798
4	0.970535680944	0.147549230661	0.0502113897365	0.477537945868	0.108660764719	1.12426546539	0.0124652822919	-0.0946039458337	0.188934019636	0.0685571857552	-0.0471177208522	-0.0436406311481	-0.141999166424	0.0934795141188	0.0517810237843	0.36674504061	-0.0399829844947	0.0263683388092	0.365676994192	0.0365737340674	0.373158769289	29.5778153548	24.099676665	66.1563183647

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 387 through 439 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1 through 92 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 93 through 201 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 202 through 386 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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