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- PDB-8gqa: Crystal structure of lasso peptide epimerase MslH in complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gqa
タイトルCrystal structure of lasso peptide epimerase MslH in complexed with precursor peptide analog MslAdeltaW21
要素
  • Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein)
  • precursor peptide analog MslAdeltaW21
キーワードISOMERASE / epimerase / MslH
機能・相同性Bacterial capsule synthesis protein PGA_cap / Capsule synthesis protein, CapA / Bacterial capsule synthesis protein PGA_cap / Metallo-dependent phosphatase-like / metal ion binding / Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein) / :
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Nakashima, Y. / Morita, H.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22H02777 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K15303 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of lasso peptide epimerase MslH reveals metal-dependent acid/base catalytic mechanism.
著者: Nakashima, Y. / Kawakami, A. / Ogasawara, Y. / Maeki, M. / Tokeshi, M. / Dairi, T. / Morita, H.
履歴
登録2022年8月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.32023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42025年9月17日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein)
B: precursor peptide analog MslAdeltaW21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4814
ポリマ－49,3192
非ポリマー1622
水3,729207
1
A: Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein)
B: precursor peptide analog MslAdeltaW21
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)395,84832
ポリマ－394,55016
非ポリマー1,29816
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation6_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
Buried area48850 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area115320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.033, 128.033, 171.026
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-795-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein)


分子量: 47319.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WP_063802928.1 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 遺伝子: EV578_104528 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V2TW40
#2: タンパク質・ペプチド precursor peptide analog MslAdeltaW21


分子量: 1999.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8B2H412
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 5.00 mg/mL MslH, 1.89 mg/mL MslAdeltaW21 with MslB1, 200 mM magnesium chloride, 100 mM Tris-HCl, 28% (w/v) PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.045 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.045 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→45.27 Å / Num. obs: 61142 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.7 % / Biso Wilson estimate: 43.38 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.29→2.38 Å / 冗長度: 28.9 % / Rmerge(I) obs: 1.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3336 / CC1/2: 0.867 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8GQ9

8gq9


解像度: 2.29→45.27 Å / SU ML: 0.2531 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 21.3367
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2078 2891 4.73 %
Rwork0.1844 58251 -
obs0.1855 61142 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→45.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3360 0 9 207 3576
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213494
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55544764
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0424538
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043642
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.6761514
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.29-2.330.28251290.26312758X-RAY DIFFRACTION99.93
2.33-2.370.26881570.26032781X-RAY DIFFRACTION99.93
2.37-2.410.29551310.25952786X-RAY DIFFRACTION99.97
2.41-2.460.28481560.2432740X-RAY DIFFRACTION99.93
2.46-2.510.27421430.24022736X-RAY DIFFRACTION99.9
2.51-2.560.2921780.2332770X-RAY DIFFRACTION99.93
2.56-2.620.30721450.22692749X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.690.2751230.22082772X-RAY DIFFRACTION99.9
2.69-2.760.26911070.21612815X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.840.21491290.20142804X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.930.22541150.19512782X-RAY DIFFRACTION99.97
2.93-3.040.21861140.20092813X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.160.20341430.19682730X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.30.20611950.17712745X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.480.18331370.17312765X-RAY DIFFRACTION99.93
3.48-3.690.19911300.16192777X-RAY DIFFRACTION99.97
3.69-3.980.15541340.16122791X-RAY DIFFRACTION100
3.98-4.380.14991630.14382754X-RAY DIFFRACTION100
4.38-5.010.17181210.15082786X-RAY DIFFRACTION100
5.01-6.310.19441250.18762793X-RAY DIFFRACTION99.97
6.31-45.270.24691160.18842804X-RAY DIFFRACTION99.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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