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- PDB-8gq9: Crystal structure of lasso peptide epimerase MslH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gq9
タイトルCrystal structure of lasso peptide epimerase MslH
要素Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein)
キーワードISOMERASE / epimerase / MslH
機能・相同性Bacterial capsule synthesis protein PGA_cap / Capsule synthesis protein, CapA / Bacterial capsule synthesis protein PGA_cap / Metallo-dependent phosphatase-like / metal ion binding / Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein)
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nakashima, Y. / Morita, H.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22H02777 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K15303 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of lasso peptide epimerase MslH reveals metal-dependent acid/base catalytic mechanism.
著者: Nakashima, Y. / Kawakami, A. / Ogasawara, Y. / Maeki, M. / Tokeshi, M. / Dairi, T. / Morita, H.
履歴
登録2022年8月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7586
ポリマ－47,3191
非ポリマー4395
水3,657203
1
A: Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein)
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)382,06348
ポリマ－378,5558
非ポリマー3,50840
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation6_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
Buried area41250 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area119510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.017, 128.017, 170.593
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-931-

HOH

21A-985-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Poly-gamma-glutamate synthesis protein (Capsule biosynthesis protein)


分子量: 47319.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WP_063802928.1 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 遺伝子: EV578_104528 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V2TW40
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 5.00 mg/mL MslH, 200 mM magnesium chloride, 100 mM Tris-HCl, 28% (w/v) PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45.26 Å / Num. obs: 31782 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 50.7 % / Biso Wilson estimate: 37.34 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.259 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 43.2 % / Rmerge(I) obs: 2.225 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 3075 / CC1/2: 0.822 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→42.65 Å / SU ML: 0.2225 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 20.3292
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2054 1568 4.94 %
Rwork0.1774 30205 -
obs0.1788 31773 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3267 0 18 203 3488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00273448
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53954700
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0417530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045633
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.81251265
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.370.28991410.24452687X-RAY DIFFRACTION99.79
2.37-2.460.26691400.21152699X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.560.24071170.19082730X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.670.20951340.18892727X-RAY DIFFRACTION99.97
2.67-2.810.21511500.17912713X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.990.20291330.1792716X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.220.2181660.17632707X-RAY DIFFRACTION99.97
3.22-3.550.19211770.16742722X-RAY DIFFRACTION100
3.55-4.060.19071510.15762742X-RAY DIFFRACTION100
4.06-5.110.17441290.14712817X-RAY DIFFRACTION100
5.11-42.650.2141300.20532945X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7454864134780.159390312247-0.4289287814810.414933450685-0.3927763881930.51404563918-0.0125043451279-0.0208741608225-0.04351376974530.0525928787549-0.0174077245424-0.00103431587071-0.0277734668353-0.19935759772-0.004726266120540.170488884278-0.01901954902580.02690162433230.1838922372920.001788612671470.15155340460414.859749216716.223604531363.2314084563
20.532957443966-0.148236576459-0.6235264993120.51911174601-0.1417663590190.7613863554930.0334315461432-0.315393773062-0.1264509950780.209541435141-0.0937725855457-0.1717013429680.06858440282310.421327025992-0.1413329360370.231739349088-0.0733027407669-0.01648776843060.2882231172090.07157295239460.18273014904532.347036312319.547350841179.9000316598
31.34886615980.538724448785-0.1058947777210.845554596516-0.4021006329281.729396886390.0258887858205-0.1431505269290.1588990338710.0586318256293-0.0756156133706-0.022792415494-0.2296071729760.0143562941091-0.00341957161650.183490770717-0.02859234083230.03216326342630.2032243847890.03235664006230.2197404142728.213008443825.299440969661.9511772471
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 106 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 107 through 201 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 202 through 439 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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