PDB-8gq3: RTT109 mutant from Candida albicans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gq3

タイトル

RTT109 mutant from Candida albicans

要素

Histone acetyltransferase RTT109

キーワード

TRANSFERASE / histone acetyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of phenotypic switching / negative regulation of filamentous growth of a population of unicellular organisms / filamentous growth of a population of unicellular organisms / histone H3K56 acetyltransferase activity / phenotypic switching / filamentous growth / histone H3 acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.767 Å

データ登録者

Chen, Y.J. / Su, D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of RTT109 mutant-Y183A from Candida albicans
著者: Chen, Y.J. / Su, D.

履歴

登録	2022年8月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gq3.cif.gz	154.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gq3.ent.gz	118.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gq3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gq3_validation.pdf.gz	435.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gq3_full_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示
XML形式データ	8gq3_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	8gq3_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/8gq3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bxwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone acetyltransferase RTT109

41.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.249, 69.335, 54.538
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 115.170, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Histone acetyltransferase RTT109 分子量: 41888.422 Da / 分子数: 1 / 変異: Y183A,S321L,S336L,S339L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: RTT109 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5AAJ8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.25 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 2% Tacsimate pH 6.0 and 15~20% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 126.15 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.767→50 Å / Num. obs: 33734 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.111 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.119 / Χ²: 0.928 / Net I/σ(I): 5.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.77-1.82	5.8	0.471	2453	0.898	0.2	0.514	0.509	87.1
1.82-1.88	7.1	0.39	2863	0.941	0.154	0.42	0.56	99.9
1.88-1.95	7.5	0.321	2786	0.957	0.125	0.345	0.659	100
1.95-2.03	7.4	0.25	2847	0.972	0.098	0.269	0.716	100
2.03-2.12	7.3	0.211	2833	0.976	0.083	0.227	0.829	100
2.12-2.23	7.9	0.175	2805	0.984	0.066	0.188	0.95	100
2.23-2.37	7.7	0.156	2851	0.987	0.06	0.167	1.046	100
2.37-2.55	7.3	0.136	2828	0.987	0.054	0.146	1.142	100
2.55-2.81	7.9	0.124	2844	0.989	0.047	0.133	1.216	100
2.81-3.22	7.6	0.109	2856	0.991	0.042	0.117	1.169	100
3.22-4.05	7.9	0.102	2859	0.991	0.038	0.109	1.058	100
4.05-50	7.5	0.09	2909	0.992	0.035	0.097	1.071	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BXW

7bxw

解像度: 1.767→49.359 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2018	1707	5.06 %
R_work	0.1617	31997	-
obs	0.1637	33704	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.04 Å² / B_iso mean: 36.7914 Å² / B_iso min: 15.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.767→49.359 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2563	0	15	291	2869
B_iso mean	-	-	41.76	43.43	-
残基数	-	-	-	-	313

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.767-1.819	0.2738	133	0.248	2478	93
1.819-1.8777	0.2847	144	0.2009	2678	100
1.8777-1.9448	0.2282	130	0.1775	2660	100
1.9448-2.0227	0.2178	134	0.17	2676	100
2.0227-2.1147	0.2134	138	0.1698	2680	100
2.1147-2.2262	0.2081	124	0.1613	2692	100
2.2262-2.3657	0.2	154	0.1648	2668	100
2.3657-2.5484	0.2023	150	0.1628	2659	100
2.5484-2.8048	0.1905	124	0.1767	2704	100
2.8048-3.2106	0.2146	160	0.1714	2691	100
3.2106-4.0447	0.1884	148	0.1476	2689	100
4.0447-49.359	0.1896	168	0.1459	2722	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7753	-0.2651	-0.1157	0.7916	-0.2979	0.5174	0.1188	0.608	-0.1065	-0.47	0.1028	-0.0514	0.015	0.1509	0.0697	0.3655	0.0489	-0.074	0.337	-0.0249	0.2076	2.6147	35.5087	1.2476
2	0.3209	-0.451	-0.3761	1.8074	-0.1071	0.4473	0.1383	-0.0458	0.2065	0.0322	-0.1259	-0.2554	0.0116	0.0591	-0.0002	0.2146	0.0165	-0.012	0.2207	-0.0196	0.2155	15.2146	35.9676	13.9345
3	0.3925	-0.6139	0.2359	1.0309	-0.1515	0.0511	0.0532	-0.0893	0.1287	-0.1534	-0.0464	-0.1227	0.0291	0.0043	0.0001	0.1589	-0.0073	0.0169	0.2189	-0.0063	0.1749	13.5923	31.9553	10.2001
4	0.1937	-0.373	0.1171	0.7161	-0.057	0.4796	-0.0673	0.2221	-0.171	-0.4961	0.0092	0.2432	0.0688	-0.1148	-0.0026	0.3073	0.0347	-0.0693	0.2527	-0.0275	0.2256	1.9579	25.1964	1.2176
5	0.9096	-0.1193	-0.2989	0.3137	0.0441	0.9512	0.0743	0.0154	0.2574	-0.2355	-0.0419	-0.2144	-0.141	0.0366	-0.0004	0.2607	0.0069	0.0674	0.1959	0.0124	0.2882	19.8263	39.6041	7.085
6	0.5167	-0.5896	0.26	0.8014	-0.1515	0.1177	0.0736	-0.1481	-0.3099	-0.1724	0.0358	0.2977	0.0972	-0.0908	0.0005	0.2303	-0.0094	-0.0094	0.2439	0.0086	0.2892	2.0933	17.0973	9.9211
7	0.416	0.0674	-0.1425	0.4304	0.3642	0.3342	0.0022	-0.0791	-0.2845	-0.1383	-0.16	-0.3989	0.3063	0.2391	-0.0004	0.2904	0.0165	0.0493	0.2151	0.0017	0.2493	19.6579	12.2475	8.8749
8	0.6046	-0.2892	-0.3119	0.2948	-0.2403	0.6997	-0.0241	0.0309	-0.208	-0.1707	0.0505	-0.1589	0.156	0.3046	0	0.238	0.0237	0.0365	0.2617	-0.0147	0.2931	23.9609	16.1333	10.1997
9	0.7559	-0.0742	-0.5471	1.5388	-0.5287	0.5957	-0.0219	-0.1611	-0.0626	0.1213	0.022	-0.0894	-0.089	0.0155	-0.0005	0.1978	0.0064	-0.0077	0.2144	0.0248	0.1977	18.8077	20.8551	24.0417
10	0.8685	0.2762	0.6325	1.3529	-0.3236	0.5987	0.1123	0.305	0.366	-0.1946	-0.1895	-0.0298	-0.1938	-0.2787	-0.0001	0.2534	0.0431	0.0061	0.2249	0.0126	0.2355	8.448	39.4546	8.6465
11	0.2518	-0.0137	0.0242	0.1849	-0.19	0.2145	0.0303	0.1135	0.0455	-0.0297	0.0155	0.6167	-0.1299	-0.3811	0.0015	0.2378	0.0737	0.0222	0.347	0.0331	0.463	-12.3131	33.6592	11.3147
12	2	2	2.0001	2	8.4834	2	0.4492	-0.222	-0.7213	-1.7627	-0.4911	2.0245	-2.1263	-0.3488	0.1676	0.8422	0.3066	-0.0162	0.5012	0.3907	1.0811	-9.3927	45.4784	8.0069

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 24 )	A	0 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 53 )	A	25 - 53
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 54 through 83 )	A	54 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 84 through 106 )	A	84 - 106
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 107 through 177 )	A	107 - 177
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 178 through 213 )	A	178 - 213
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 214 through 236 )	A	214 - 236
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 237 through 253 )	A	237 - 253
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 254 through 310 )	A	254 - 310
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 311 through 339 )	A	311 - 339
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 340 through 356 )	A	340 - 356
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 357 through 357 )	A	357

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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