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万見
- PDB-8gpw: Structure of Penicillin-binding protein 3 (PBP3) from Klebsiella ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gpw
タイトルStructure of Penicillin-binding protein 3 (PBP3) from Klebsiella pneumoniae with ligand 18G
要素Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
キーワードTRANSFERASE / penicillin binding / cell wall organization or biogenesis / plasma membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like ...Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JXJ / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Song, D.Q. / Li, Y.H.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
CAMS Innovation Fund for Medical Sciences (CIFMS)2021-I2M-1-070 英国
CAMS Innovation Fund for Medical Sciences (CIFMS)2021-I2M-1-030 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Penicillin-binding protein 3 (PBP3) from Klebsiella pneumoniae with ligand 18G at 2.06 Angstroms resolution
著者: Song, D.Q. / Li, Y.H.
履歴
登録2022年8月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
B: Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,1824
ポリマ－87,2512
非ポリマー9312
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area30520 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)95.400, 103.660, 80.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein 3 / PBP-3


分子量: 43625.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: ftsI, ETE64_07005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A483LPP8, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物 ChemComp-JXJ / 1-[(~{Z})-[1-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)-2-[[(2~{S})-3-methyl-1-oxidanylidene-3-(sulfooxyamino)butan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethylidene]amino]oxycyclopropane-1-carboxylic acid


分子量: 465.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H19N5O9S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 28% PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→43.54 Å / Num. obs: 49615 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 38.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.06→2.11 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 1.319 / Num. unique obs: 3409 / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BJP

4bjp


解像度: 2.06→43.54 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 1999 4.03 %
Rwork0.1996 47554 -
obs0.201 49553 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.5 Å2 / Biso mean: 48.1138 Å2 / Biso min: 23.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.06→43.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5985 0 92 164 6241
Biso mean--63.75 43.67 -
残基数----794
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.06-2.110.34671370.31893132326993
2.11-2.170.36541470.2773283343098
2.17-2.230.34511330.244533683501100
2.23-2.30.27811520.235333833535100
2.3-2.390.28571320.218134073539100
2.39-2.480.28481410.211133543495100
2.48-2.60.31461460.214933963542100
2.6-2.730.26941420.23233933535100
2.73-2.90.30231410.226434033544100
2.9-3.130.25231400.211634433583100
3.13-3.440.27391380.213834233561100
3.44-3.940.21611500.187734393589100
3.94-4.960.1811490.159234903639100
4.96-43.540.1761510.177436403791100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.8957 Å / Origin y: 13.4178 Å / Origin z: 14.7028 Å
111213212223313233
T0.2453 Å2-0.0252 Å20.0145 Å2-0.2531 Å2-0.034 Å2--0.3299 Å2
L0.5918 °2-0.1757 °20.0917 °2-0.6413 °2-0.6003 °2--1.8192 °2
S-0.0723 Å °-0.1074 Å °0.0459 Å °0.0489 Å °-0.0249 Å °-0.1085 Å °-0.0372 Å °0.1072 Å °0.1133 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA70 - 570
2X-RAY DIFFRACTION1allB70 - 570
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 256
4X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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