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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gpr | ||||||
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タイトル | GluK1-1a receptor captured in the desensitized state | ||||||
要素 | Glutamate receptor | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Kainate receptor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ligand-gated monoatomic ion channel activity / signaling receptor activity / postsynaptic membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.2 Å | ||||||
データ登録者 | Dhingra, S. / Kumar, J. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2023 タイトル: Functional Implications of the Exon 9 Splice Insert in GluK1 Kainate Receptors 著者: Dhingra, S. / Chopade, P.M. / Vinnakota, R. / Kumar, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gpr.cif.gz | 518.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gpr.ent.gz | 427.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gpr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/8gpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/8gpr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 34197MC 7ysjC 7ysvC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 95606.672 Da / 分子数: 4 / 変異: C552Y, C557V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grik1 / プラスミド: pEGBacMam / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GnTI negative / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0G2K830 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: GluK1-1a receptor in complex with SYM2081 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.381 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEGBacMam |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.57 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 60 sec. / 電子線照射量: 19.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 13750 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 8.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5372 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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