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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8goc | ||||||
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タイトル | Structure of beta-arrestin2 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human Vasopressin V2 receptor, V2R | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / GPCR / Arrestin / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / angiotensin receptor binding / hemostasis / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / telencephalon development / positive regulation of systemic arterial blood pressure ...renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / angiotensin receptor binding / hemostasis / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / telencephalon development / positive regulation of systemic arterial blood pressure / inositol hexakisphosphate binding / G protein-coupled receptor internalization / positive regulation of intracellular signal transduction / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of receptor internalization / endocytic vesicle / clathrin-coated pit / positive regulation of vasoconstriction / cellular response to hormone stimulus / activation of adenylate cyclase activity / phosphatidylinositol binding / response to cytokine / peptide binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / receptor internalization / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / protein transport / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / G alpha (s) signalling events / molecular adaptor activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / signal transduction / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) Mus musculus (ハツカネズミ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.18 Å | ||||||
データ登録者 | Maharana, J. / Sarma, P. / Yadav, M.K. / Banerjee, R. / Shukla, A.K. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023 タイトル: Structural snapshots uncover a key phosphorylation motif in GPCRs driving β-arrestin activation. 著者: Jagannath Maharana / Parishmita Sarma / Manish K Yadav / Sayantan Saha / Vinay Singh / Shirsha Saha / Mohamed Chami / Ramanuj Banerjee / Arun K Shukla / 要旨: Agonist-induced GPCR phosphorylation is a key determinant for the binding and activation of β-arrestins (βarrs). However, it is not entirely clear how different GPCRs harboring divergent ...Agonist-induced GPCR phosphorylation is a key determinant for the binding and activation of β-arrestins (βarrs). However, it is not entirely clear how different GPCRs harboring divergent phosphorylation patterns impart converging active conformation on βarrs leading to broadly conserved functional responses such as desensitization, endocytosis, and signaling. Here, we present multiple cryo-EM structures of activated βarrs in complex with distinct phosphorylation patterns derived from the carboxyl terminus of different GPCRs. These structures help identify a P-X-P-P type phosphorylation motif in GPCRs that interacts with a spatially organized K-K-R-R-K-K sequence in the N-domain of βarrs. Sequence analysis of the human GPCRome reveals the presence of this phosphorylation pattern in a large number of receptors, and its contribution in βarr activation is demonstrated by targeted mutagenesis experiments combined with an intrabody-based conformational sensor. Taken together, our findings provide important structural insights into the ability of distinct GPCRs to activate βarrs through a significantly conserved mechanism. #1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2023 タイトル: Structure of beta-arrestin in complex with a phosphopeptide 著者: Maharana, J. / Sarma, P. / Yadav, M.K. / Banerjee, R. / Shukla, A.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8goc.cif.gz | 384.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8goc.ent.gz | 312.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8goc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8goc_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8goc_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8goc_validation.xml.gz | 77 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8goc_validation.cif.gz | 112.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/8goc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/8goc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34175MC 8go8C 8gooC 8gp3C 8i0nC 8i0qC 8i0zC 8i10C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47217.676 Da / 分子数: 3 変異: C17G,C66V,L69C,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V,C270S,L278F,S280A 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ARRB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32120 #2: 抗体 | 分子量: 25512.354 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 抗体 | 分子量: 23435.064 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3790.874 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30518 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.28 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K / 詳細: Blotted for 3 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 48.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 9720 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2444407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18492 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5TV1 Accession code: 5TV1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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